商周属楚黔中地,秦为黔中郡地。
西汉高祖五年(公元前202年)置无阳县,为芷江建县之始。
东汉废县,并入辰阳县。
晋太康年间(280~289)置潕阳县,隶属武陵郡,晋义熙年间(405~418),县治迁镡城。
北朝梁时(502~557)改为龙檦县,隶南阳郡。陈永定三年(559)改隶沅陵郡。
唐先天二年(712)置潭阳县,属沅州。宋熙宁七年(1074)筑沅州城,改潭阳县为卢阳县,州县同治沅州城。
明洪武九年(1376),废卢阳县入沅州。清乾隆元年(1736)置芷江县
附郭沅州府。
民国元年(1912),裁县存府,次年裁府复县,隶辰沅道。
民国11年,废辰沅道,芷江直隶于省。
民国24年,属芷黔麻晃行政督察区。
民国25年,属湖南省第四行政督察区,次年属省第七行政督察区,民国29年属省第十行政督察区。
1949年10月2日,中国人民解放军第28军112师解放芷江。10月26日,成立芷江县人民政府,先后隶属会专区、芷江专区、黔阳专区、黔阳地区。
1955年5月1日,县人民政府改称县人民委员会。
1968年9月8日,成立县革命委员会,行使县人民政府职权。
1980年12月4日,重新建立县人民政府。
1981年因黔阳地区改称怀化地区,芷江随隶之。
1986年9月22日,国务院批准,撤销芷江县设立芷江侗族自治县,隶属与管辖区域不变。
1998年,怀化撤地设市,芷江侗族自治县隶属怀化市。