当事人撤回仲裁申请后,仲裁庭丧失了对案件进行管辖的依据。但是撤回仲裁申请,是当事人对其仲裁程序上的权利进行了处分,并没有放弃实体权利,因而,只要申请人没有声明放弃实体权利,申请人就可以重新申请仲裁,但这里申请仲裁的前提,是当事人对和解协议反悔。实践中,反悔的原因是多种的:可能是因为己方在和解协议中让步太多,损失太大;也可能因为对方不履行和解协议,自己的合法权益未能实现。无论是基于何种原因,都应当允许反悔,这是保护当事人合法权益的要求。
重新申请仲裁是否需要当事人重新订立仲裁协议,其关键在于原来的仲裁协议是否仍然有效。依相关法律,仲裁程序终结是仲裁协议失效的原因之一。也就是说,当事人的纠纷经仲裁庭审理完毕做出裁决书之后,据以申请该仲裁的协议就失效了,当事人不得依该协议再次申请仲裁。要申请仲裁,必须另行达成一个新的仲裁协议。但是应当注意的是,当事人因达成和解协议而撤回仲裁申请时,仲裁程序尚未终结,那么原来的仲裁协议也就没有失效。因此,当事人因对撤回仲裁申请反悔而重新申请仲裁时,仍然可以根据原来的仲裁协议,而不必另行达成新的仲裁协议。
由于双方原来签订的仲裁协议仍然有效,根据法律规定的“仲裁协议排除法院管辖权"原则,在双方当事人达成和解协议后撤回仲裁申请又反悔的,任何一方都不得向法院提起诉讼。