常设仲裁机构本身并不具体负责处理某一仲裁案件，其主要职能是对提交其仲裁的案件实施行政管理，保障所适用的仲裁规则的实施。尽管各常设仲裁机构的具体职责有所不同，但一般都具有以下几个方面的职能：
1．接受当事人提出的仲裁申请，对仲裁管辖权问题进行初步审理
各仲裁机构都设有专门的办事机构，如国际商会国际仲裁院的秘书处，伦敦国际仲裁院的登记处，中国国际经济贸易仲裁委员会的秘书局等，这些办事机构负责受理当事人向各该有关仲裁机构提交的仲裁申请。由机构对当事人的申请及其所依据的仲裁条款或仲裁协议进行初步审查，若认为有管辖权的话，即可决定受理当事人提交的案件，并按仲裁规则及其有关的收费标准收取仲裁费。
2．协助仲裁庭的组成工作
协助仲裁庭的组成，是常设仲裁机构的重要职能。如果当事人就其约定的独任仲裁员或首席仲裁员不能达成一致，或者在由三位仲裁员组成仲裁庭的情况下，被申请人在仲裁规则规定的期限内未能指定仲裁员，按照许多仲裁机构的仲裁规则的规定，由仲裁机构指定上述各仲裁员。例如，按照1998年1月1日起生效的《国际商会国际仲裁院仲裁规则》第8条的规定，如果当事人约定争议由独任仲裁员审理，但双方当事人未能在被申请人收到申请人的仲裁申请之日后30日内或秘书处允许的额外期限内就此独任仲裁员达成协议，该独任仲裁员由仲裁院指定。如果争议在由三位仲裁员审理的情况下，一方当事人未能对其应当指定的仲裁员作出指定，则仲裁院有权对此仲裁员作出指定。按照1998年1月1日实施的《伦敦国际仲裁院仲裁规则》第5条的规定，在由三位仲裁员组成仲裁庭时，首席仲裁员由仲裁院而非当事人指定。其他仲裁机构的仲裁规则也有类似规定。
此外，这些仲裁机构还可以作为临时仲裁的指定仲裁员的机构，或依照当事人的申请作为管理机构。
3．撤销对仲裁员的指定和指定替代仲裁员
这是常设仲裁机构的另一重要职责。例如，按照《伦敦国际仲裁院仲裁规则》第10条的规定，如果仲裁员故意违背仲裁协议或应当适用的仲裁规则，无故拖延仲裁程序，或者存在着对某一仲裁员的公正性和独立性产生正当怀疑的情况，仲裁院有权作出撤回对该仲裁员的指定或要求其回避的规定。《国际商会国际仲裁院仲裁规则》第11条、《中国国际经济贸易仲裁委员会仲裁规则》第28条、《美国仲裁协会仲裁规则》第9条，均有类似的规定。
因仲裁员死亡、仲裁机构接受仲裁员辞职或回避，或根据双方当事人的请求，仲裁机构也可以对替代仲裁员作出指定。
除了以上三项基本职能外，有些仲裁机构还有其他一些职能，如确认仲裁庭的组成；批准仲裁庭与当事人之间共同签署的审理事项；对仲裁裁决的草案进行审查等。
