院。
南宋乾道八年(1172年),华亭知县邱崇修筑里护塘,象征着惠南镇于此之前已经成陆。
明朝洪武十九年(1386年),惠南镇开始建设,城内为镇,城东外为厢,其余为乡村,属金山卫管辖。
清朝雍正四年(1726年),南汇县建县定县治于惠南镇后,即改名为城厢镇。
民国元年(1912年),惠南地区为江苏省南汇县市东乡、市西乡的一部分。
民国十八年(1929年),南汇县正式设区,惠南地区属城厢区管辖。
民国二十七年(1938年),日本侵略军占领南汇县后,改南汇县为“上海南汇特别区”,下设分区,惠南地区分属第一分区的四南乡、旺南乡、宝善乡、五墩乡的一部分。
民国三十四年(1945年),南汇特别区行政设置撤销,恢复抗日战争前的建置,惠南镇仍属城厢区管辖,境内有四南乡、城东乡、城西乡、城南乡。
1949年6月,惠南镇为南汇区辖下的城外乡、城东乡、四南乡、宣桥乡、三灶乡的一部分,有56个保、891个甲。
1984年4月13日,惠南人民公社召开人民代表大会,建立惠南乡人民政府。同年10月,以原各生产大队为单位,召开村民大会,选举产生18个村民委员会,大队改为村。
1994年,徐庙村、陶桥村、城南村、汇南村划归南汇工业园区。
1995年2月,经上海市人民政府批准决定,原惠南镇、惠南乡建制撤销,建立新的惠南镇。
2003年5月8日,原黄路镇、惠南镇建制撤销,建立新惠南镇。