来这一地区成为罗马帝国廷吉塔纳毛里塔尼亚行省的一部分。几个世纪过去后，这里先后经历了汪达尔人、东罗马帝国和西哥特人的统治。城市的政治历史与同属这一地区的摩洛哥城市里夫及西班牙南部地区是相似的。当地的统治权在柏柏尔人、腓尼基人、迦太基人、罗马人、阿拉伯倭马亚王朝哈里发、阿拉伯伊德里斯王朝、阿拉伯哈马迪王朝、阿拉伯穆拉比德王朝、阿拉伯穆瓦希德王朝、阿拉伯马里尼德王朝和后来的阿拉伯瓦塔希德王朝的统治。当天主教统治者、卡斯提尔女王伊莎贝拉一世和阿拉贡的斐迪南二世要求第三任梅迪纳·西多尼亚公爵胡安·阿隆索·佩雷斯·德·古斯曼去占领这一地区时，这里是非斯王国的一部分。
1497年在占领梅利利亚的行动中，公爵派遣佩德罗·埃斯托皮年在事实上没遇到任何抵抗的情况下征服了这座城市。这次行动发生在1492年卡斯提尔夺取阿拉伯纳斯里王朝统治下的格拉纳达酋长国之后，这也是北非摩尔人在欧洲的最后一个据点。梅利利亚不久就受到穆斯林重新占领的威胁，在1694-1696年和1774-1775年两次受到穆斯林军队的围攻。一位西班牙军官
就曾说过：“在梅利利亚服役一个小时，从战略价值的意义上来说，超过在西班牙本土服役三十年。”西班牙人同样要面对与邻近的一些部落间的冲突，在动荡的里夫地区，自立山头的柏柏尔人并不听令于摩洛哥苏丹。
由于西班牙国土的限制，在要塞周围分别于1859、1860、1861和1894年分别与摩洛哥签订条约。在19世纪末，随着西班牙影响的扩大，梅利利亚成为里夫海岸线上在得土安和阿尔及利亚边境间的唯一一个官方授权的贸易中心。随着贸易价值的增长，山羊皮、蛋类和蜂蜡成为主要的出口产品，而棉制品、茶、糖和蜡烛则成为主要的进口商品。1893年，里夫地区的柏柏尔人围攻梅利利亚，西班牙方面派遣了25,000人的军队与他们作战。
1908年两家公司在当时统治里夫地区的罗吉酋长的保护下，在距离梅利利亚20公里的地方进行矿产发掘和开采，一条通往铁矿的铁路开始修建。当年十月，罗吉的奴仆们起来反抗他的统治并袭击了铁矿，直到1909年6月，铁矿一直处于关闭状态。7月工人们重新开始进攻，他们当中有数人阵亡。接下来就是西班牙人和当地部落间激烈的战斗。
1910年，里夫部落选择投降，西班牙人重新启用了铁矿，并承担了马尔奇卡的港口工作，但在1911年敌对状态重新爆发。
1921年柏柏尔人在克里姆的率领下在阿努瓦勒战役中重创西班牙军队，直到1926年西班牙的保护国摩洛哥才最终平息了这场战事并最终夺回了里夫地区的控制权。
1936年后来成为西班牙独裁者的弗朗哥将军使用这座城市作为他的后
勤基地，以支持他对抗西班牙共和国政府。至今他的一座雕像，也是西班牙最后一座他的雕像，仍然在城市中心显著的耸立着。
2007年11月6日，西班牙国王胡安卡洛斯一世和皇后索菲娅访问了这座城市，引发了大范围的群众支持游行，这次访问也使得摩洛哥政府发出抗议，这也是80年来西班牙君主第一次访问梅利利亚。
2010年后梅利利亚和休达发表声明称穆斯林传统节日宰牲节（阿拉伯语：??? ???????‘īdu l-’A??ā）成为城市的官方公共节日。这也是西班牙人自驱逐北非摩尔人之后第一次官方允许庆祝一个非基督教节日。
