宋皇祐五年（1053年）置凭祥峒，从此才有凭祥之名，属邕州都督府左江道永平寨；元属思明路。明太祖洪武十八年（1385年）改为凭祥镇，属太平府。成祖永乐二年（1404年）改为凭祥土县，属思明府，宪宗成化十八年（1482年）升为凭祥土州，直隶广西布政司。清光绪二十八年（1902年），凭祥改为弹压，归明江厅兼理，宣统二年（1910年）改土归流升设凭祥厅，兼弹压下石土州，属太平府。
民国元年（1912年）1月，依照广西军政府厘定的《广西地方官暂行章程》规定，撤厅改为县，凭祥厅改为凭祥县。16年12月，下石西土州改流并入凭祥县。19年9月，广西省始建民团制度，凭祥属龙州民团区管辖。21年5月1日，广西省政府委员会通过凭祥为三等县。22年3月，按照广西省政府第81次委员会通过的各县等级标准，凭祥县降为五等县。25年2月26日，广西省政府委会第209次会议通过的《广西各县等次表》，凭祥列为四等县。28年10月，广西省政府委员会议决议将全省一至五等县均分为甲乙两级，凭祥县为三等乙级县。38年截至中华人民共和国成立前夕止，凭祥县属第七区辖。
中华人民共和国成立后，仍称凭祥县。
1951年5月，奉广西省令凭祥、明江、宁明3个县合并置镇南县，县治宁明。
1952年7月镇南、思乐两县合并置宁明县，治所宁明。
1955年7月12日，广西省人民委员会报国务院备案，设立凭祥镇（县级），以原宁明县第一区为其行政区域。
1956年11月16日，国务院批准凭祥镇改为市，以原凭祥镇为其行政区域。
1957年12月20日，国务院第66次全体会议批准原直隶桂西僮族自治州的凭祥市归邕宁专区（后更名南宁专区）管辖。
1958年12月，广西壮族自治区人民委员会报国务院备案，撤销龙津、宁明2个县和凭祥市，合并设立睦南县，治所凭祥。
1959年5月10日，广西壮族自治区报国务院备案，撤销睦南县恢复宁明、龙津2个县。凭祥属宁明县，称睦南公社，对外仍称凭祥市，属南宁专区。
1961年5月27日，经国务院批准，凭祥从宁明县分出恢复县级市。
1966年10月16日，龙州县析出下冻公社的平而大队，划归凭祥市。
1981年1月21日，经国务院批准，宁明县夏石公社划归凭祥市。
2002年11月国务院批准凭祥市为广西壮族自治区直辖市。2003年1月自治区批准崇左市代管凭祥市。
