该学说的主要内容包括: ①电子传递从NADH开始，复合物Ⅰ将还原型的NADH氧化，释放出的两个电子和一个H+质子被NADH脱氢酶上的黄素单核苷酸(FMN)接受，同时从基质中摄取一个H+将FMN还原成FMNH2，NADH被氧化成NAD+重新进入TCA循环; ②FMNH2将一对H+质子传递到膜间隙，同时将一对电子经铁硫蛋白(FeS)传递给Q池中的两个辅酶Q; ③两个辅酶Q得到电子后从基质中摄取两个H+被还原成两个半醌(QH); ④醌在内膜中通过扩散进行穿膜循环(醌循环)，两个半醌各从细胞色素b获得一个电子，并从基质中再摄取两个H+质子，形成两个全醌(QH2); ⑤当全醌扩散到内膜外侧时，便把两个电子传递给细胞色素c1，并向膜间隙释放一对H+质子，本身又被氧化成半醌; ⑥当半醌扩散到接近细胞色素b时，将携带的另两个电子传递给细胞色素b，并又向膜间隙释放一对H+，细胞色素b的一对电子又回到醌循环; ⑦细胞色素c1将接受的两个电子经细胞色素c和细胞色素氧化酶传递给氧，将氧还原成H2O; ⑧一对电子经呼吸链传递到氧时，共将基质中3对H+泵到膜间隙，从而使膜间隙的H+浓度高于基质，因而在内膜的两侧形成了电化学梯度。这种电化学梯度可驱动H+通过ATP合酶复合物进入基质，每通过2个H+可产生1个ATP。 概括起来.在呼吸链进行的电子传递和质子的传递过程中,每传递一对电子,共传递10个质子,其中2个用于合成水,8个被传递到线粒体膜间隙建立质子梯度。
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