明代，初为潢水兀良哈地泰宁卫领辖，明嘉靖二十五年（1546年），游牧于额尔古纳河、海哈尔河呼伦贝尔湖一带的阿鲁科尔沁部昆都伦岱青元太祖成吉思汗之弟哈布图哈萨尔第十五世孙率部迁居，始名阿鲁科尔沁，意即北方弓箭手。
明嘉靖四十三年至崇祯三年（1546－1630年），隶属于“北元”察哈尔部。于后金天聪四年（1630年）归顺后金。
后金天聪八年（明崇祯七年，1634年）分封蒙古诸藩牧地于此地，阿鲁科尔沁部设前后两旗，崇德元年并为一旗，称阿鲁科尔沁旗。
清顺治元年（公元1644年）始建阿鲁科尔沁旗，至今沿用此名称。崇德四年（1639年），隶属于昭乌达盟，由热河都统节制。
民国前期，隶属热河省。
民国22年（1933年）7月，阿鲁科尔沁旗沦陷，划归伪满兴安西省。
1942年，隶属伪满兴安总省。
1945年8月15日日本侵略者战败投降，8月16日，阿鲁科尔沁旗得到解放，结束日本侵略者12年残酷统治。
1945年10月，阿鲁科尔沁旗人民政府成立，隶属热河省。
1946年6月10日，中共阿鲁科尔沁旗委员会成立。
1949年5月20日，阿鲁科尔沁旗划归内蒙古自治区。
1969年8月1日，随昭乌达盟划归辽宁省。
1979年7月1日，划归内蒙古自治区。
2000年，阿鲁科尔沁旗辖6个镇、10个乡、11个苏木：天山镇、天山口镇、坤都镇、双胜镇、巴彦花镇、绍根镇、道德苏木、柴达木苏木、巴拉奇如德苏木、巴彦诺尔苏木、巴彦温都尔苏木、巴彦包勒格苏木、罕苏木苏木、扎嘎斯台苏木、宝力召苏木、呼和格日苏木、赛罕塔拉苏木、巴彦包特乡、东沙布台乡、道伦百姓乡、新民乡、白城子乡、平安地乡、岗台乡、乌兰哈达乡、先锋乡、荞麦塔拉乡。其中牧区苏木（镇）13个，农区乡（镇）2个，半农半牧区乡（镇）12个，共有382个村（嘎查）。
2001年，撤销呼和格日苏木、道德苏木、宝力召苏木、扎斯台苏木、道伦百姓乡、平安地乡。区划调整后，阿鲁科尔沁旗辖21个乡镇苏木。
2006年阿鲁科尔沁旗苏木乡镇再次进行行政区划调整，撤销岗台乡、荞麦塔拉乡、白城子乡、巴彦包特乡、乌兰哈达乡、东沙布尔台乡、巴彦诺尔苏木、道德镇、柴达木苏木、扎嘎斯台镇、巴彦温都尔苏木、巴彦包勒格苏木，区划调整后，阿鲁科尔沁旗辖6个镇、2个乡、3个苏木、1个办事处。
2014年阿鲁科尔沁旗苏木乡镇再次进行行政区划调整，最新行政规划为14个乡（苏木）、镇，1个办事处，245个村（嘎查）。7个镇分别为：天山镇、双胜镇、天山口镇、昆都镇、绍根镇、巴彦花镇、扎嘎斯台镇。3个乡分别为：新民乡、先锋乡、乌兰哈达乡。4个苏木分别为：罕苏木苏木、赛罕塔拉苏木、巴拉奇如德苏木、巴彦温都尔苏木。1个办事处：天山办事处。
