圣经中《列王记》第9章第26节中提到这一地区描述到：“所罗门王也在以旬迦别建造船只，这里位于红海岸边，在以东的艾拉附近。”这一段话大概提到了铁器时代位于现代的亚喀巴相同位置的港口城市。
古希腊的托勒密称这里为贝雷尼斯（Berenice），而罗马人则称这里为艾拉（Aila）和爱拉纳（Aelana）。在罗马时代，新图拉真大道（Via Traiana Nova）遥远的距离从大马士革以南经安曼抵达终点亚喀巴，这条大道与一条向西的通往腓力士人的地区和埃及的道路相连。公元106年左右，亚喀巴成为罗马帝国的重要港口之一。
随后伊斯兰教众征服了这里，亚喀巴处于阿拉伯的哈里发统治下，此后城市的统治权经过倭马亚王朝、阿拔斯王朝、法蒂玛王朝和埃及马木留克王朝的不断变更而不断易主。在伊斯兰教的早期可以看到艾拉城的建造。这在阿拉伯地理学家穆卡达西（阿拉伯语： ???? ?? ???? ??? ????? ???????）描述为紧邻真正的居民点，而这个居民点接近城市的遗址。沿着主要的海滨道路向北走几分钟就可以看到艾拉遗址（20世纪80年代被美国和约旦联合考古队共同发掘出来）。
在阿拉伯的名著《一千零一夜》中的一些故事也提到了辛巴达的历险从这个港口城市艾拉前往大海。
在公元12世纪，耶路撒冷王国控制了这一地区，他们在这里建造了海利姆要塞，这座要塞直到今天仍相对完好的保存了下来。除了在亚喀巴建造要塞，十字军还加强了今天的法老岛（当时叫Ile de Graye，靠近西奈海岸）的防御。法老岛现在位于埃及领海，位于亚喀巴以西约7公里的地方。
到了1187年，亚喀巴和法老岛都被萨拉丁重新夺回，为穆斯林所统治。1250年埃及马木留克王朝接管了这一地区并在公元14世纪由最后一位马木留克苏丹坎萨古里下令重建要塞。
到了16世纪初，马木留克王朝走向衰败，这一地区处于奥斯曼土耳其帝国的影响之下。在随后的时期，城市的地位走向衰退，在近四百年的时间里只是一个无足轻重的小渔村。
在第一次世界大战期间，占据这里的奥斯曼土耳其帝国军队在亚喀巴战役后被迫撤出这座城市，亚喀巴战役是于1917年在阿拉伯的劳伦斯和麦加埃米尔谢里夫赛义德·侯赛因·本·阿里（阿拉伯语：???? ?? ???）的阿拉伯军队的共同组织下完成的。这场战役使得亚喀巴成为费萨尔王子（阿拉伯语： ???? ?? ???? ?? ??? ???????）所统治的汉志王国领土的一部分。夺取亚喀巴使得从埃及通往阿拉伯的补给线被打通，英军在战场上进一步向北进入外约旦和大巴勒斯坦，更重要的是大大减轻了奥斯曼土耳其帝国军队对于战略要地苏伊士运河的威胁。
1925年亚喀巴被割让给当时还是英国保护国的外约旦。
1965年约旦国王侯赛因尝让亚喀巴获得同沙特阿拉伯进行贸易的专属地区，他以约旦内陆 6,000 平方公里的沙漠地带从沙特阿拉伯交换获得了亚喀巴以南长达12公里的主要海岸线。除了扩大港口的额外的土地，交换还给予了这个国家通往美丽的红海珊瑚礁的通道。
从20世纪80年代直到海湾战争时期，亚喀巴都是伊拉克进口货物的主要通道。
2000年8月，亚喀巴专属经济区权力法被约旦议会通过，法律规定亚喀巴专属经济区管理委员会（阿拉伯语：???? ????? ?????? ?????????? ??????）是经过授权的这一经济区的法定机构。这一机构对亚喀巴专属经济区（阿拉伯语：???? ????? ?????? ?????????? ??????）拥有调整、行政管理、财政税收和经济责任
