柏林的起源可以追溯到12世纪末。她是由施普雷河畔北岸的柏林和博物馆岛现今所在地的集居区组成的。这两个集居区在13世纪就已经存在了，1237年10月28日Coelln被首次提出。1307年人们将这两部分合并在一起，由此诞生了柏林。这一天也就是柏林的诞生日。
经过多年的动荡不安，选帝侯Friedrich II于1451年将波茨坦和柏林两座城市宣布为其治下之国都。此后，接连不断的自然灾害、瘟疫和战争一直阻碍着柏林的发展。直到Friedrich Wilhelm的统治时期（1640 - 1688），柏林的各个方面才得到了突飞猛进的发展。柏林被改建为城市要塞，首次建成了最具普鲁士典型风格的建筑，即现存 “菩提树下大街”两旁的宏伟建筑群。
1701年选帝侯Friedrich III 在普鲁士自封为Friedrich I 国王，柏林自然而然被选为首府。如雨后春笋般的建成了很多著名的建筑物。在Friedrich Wilhelm I. (der “Soldatenk?nig“) 和 Friedrich II. (“Der Gro?e“) 的统治下，柏林（1740 - 1786）发展成了普鲁士的一座工业城市。
1806至1808年是拿破仑统治着这座城市；在莱比锡大会战胜利后，拿破仑又把他掳走的、原本矗立于勃兰登堡门上的胜利战车雕像送回。在随后的十年间，这里出现了由Schinkel设计，具有古典风格、宏伟壮丽的建筑群和由Lenné设计的富有艺术风格的公园。
19世纪中期以来，柏林不但在经济上得到了突飞猛进的发展，而且人口也呈急遽上升的趋势。
柏林战火重生
二战后期
由于盟军的空袭和苏联红军的进攻，柏林市遭到毁灭性的破坏。
1943年11月22日，英国皇家空军派出764架轰炸机，展开大规模轰炸柏林的“柏林战役”，炸毁了东起蒂尔加滕和夏洛滕堡、西至斯潘
道和西门子施塔特的整片区域。从1943年11月到1944年2月，“柏林战役”一共对柏林发起13次大规模空袭，其中9次的轰炸规模在500架以上，摧毁了柏林1/4的市区，市郊和市区内的150多座电气、军火、通讯设备和轴承工厂，炸死1万多人，并使150万人无家可归。市区90%的建筑被摧毁，树木全部被砍光，水电系统也遭到破坏。
1945年4月16日，苏联红军调集了22000门大炮和白俄罗斯方面军等10个集团军，开始对柏林的总攻。5月1日苏联红军的旗帜插上了勃兰登堡门和国会大厦。5月8日德国投降。
冷战时期
随着盟军在第二次世界大战中的胜利，不仅仅德国，而柏林也按照战前柏林的行政区界线被分成两个部分——由苏联控制的东柏林（范围包括战前23区中的12个区），以及由美国、英国、与法国控制的西柏林。柏林变成了苏美冷战的聚集点。
1948年为了反对盟国在德国西部实行的货币改革，以及迫使盟军退出柏林，苏联对柏林展开了长达半年的封锁。盟国通过柏林空运挫败了苏联的企图。
1953年6月17日，东柏林工人展开了抗议生活水平下降而举行起义，起义不久即被苏联军队镇压下去。
1958年11月10日，赫鲁晓夫宣称四大国对柏林的占领已经过时，要求美英法从西柏林撤军，并称6个月之内西柏林应当成为苏军可以自由进出的“自由城市”。
从1945年到1961年间，每年约有数十万民主德国公民通过柏林逃往联邦德国，使民主德国蒙受巨大损失。
由于大量东德居民通过不设防的柏林分界线涌入西柏林和西德， 1961年8月13日，东德建起了柏林墙。10月25日，美国坦克开到弗里德里希大街南部的查理检查哨，试图进入东柏林，与90米开外的苏军坦克对峙了16个小时。此后柏林成为东西方意识形态交锋的最前沿。
由于存在种种历史问题和制度上的缺陷，1989年，东欧国家民众掀起了对社会主义和共产党政权的总抗议。
1989年11月9日深夜，东德被迫宣布开放柏林墙。
1990年6月13日，民德政府开始拆除全部柏林墙。
1990年10月3日，德国重新统一，柏林举行了盛大的庆祝活动。柏林墙被拆除。
1991年，德国议会投票决定在2000年之前将首都从波恩迁回柏林。此后柏林展开了大规模的重建工作。在国会大厦北面修建了新的国会和总理府。以前是柏林墙脚下布满地雷的警戒地带的波茨坦广场重新成为柏林的商业中心。德国已经恢复了其在欧洲的文化和经济中心地位。
