南关区
1999年12月3日，长春市人民政府《关于部分调整我市城区街道办事处设置的通知》（长府发74号），根据省民政厅《关于长春市城区街道办事处调整的批复》（吉民行批9号）：南关区撤销东安街道办事处，将其所辖行政区域划归长通街道办事处管辖；撤销西五街道办事处，将其所辖行政区域划归新春街道办事处管辖；将自强街道办事处的成阳路、树勋街2个居民委划归民康街道办事处管辖；撤销清明街道办事处，将其所辖行政区域划归自强街道办事处管辖；撤销磐石街道办事处，将其所辖行政区域划归南岭街道办事处管辖；撤销南街街道办事处，将其所辖行政区域划归全安街道办事处管辖。
2000年，南关区辖11个街道、4个镇、1个乡。根据第五次人口普查数据：总人口576658人，其中：南岭街道 87902人、自强街道 38946人、民康街道 32315人、新春街道 42536人、长通街道 41822人、全安街道 49651人、曙光街道 51250人、永吉街道 44533人、桃源街道 29707人、永兴街道 28309人、新立城镇 21035人、大南镇 20157人、玉潭镇 14342人、净月镇 26604人、幸福乡 47549人。
南关区
2003年5月21日，吉林省民政厅下发吉民行批8号文件，同意将长春市南关区大南镇更名为新湖镇。9月，长春市行政区划进行了调整，将南关区的新立城镇、新湖镇划归净月旅游经济开发区代管。区划调整后，南关区总面积为81平方千米，其中南湖大路以南的新城区面积为65平方千米，南湖大路以北的老城区面积为16平方千米，辖9街1乡2镇，7个行政村，54个社区，人口47.5万。
2003年，南关区辖：桃源街道、全安街道、永吉街道、曙光街道、南岭街道、永兴街道、自强街道、民康街道、新春街道、净月街道、玉潭镇、新立城镇、新湖镇、幸福乡。其中新立城镇、新湖镇由净月旅游经济开发区代管。
2004年8月15日，全区辖11个街道，3个镇，1个乡，69个社区，36个村委会。新春街道：办事处驻大马路，邮编130041；长通街道：办事处驻东大桥街，邮编130032；南岭街道：办事处驻亚泰大街，邮编130022；永吉街道：办事处驻通化路，邮编130022；曙光街道：办事处驻珲春街，邮编130022；全安街道：办事处驻二三小区，邮编130022；民康街道：办事处驻西四道街，邮编130041；自强街道：办事处驻平治街，邮编130041；桃源街道：办事处驻晴柳街，邮编130022；永兴街道：办事处驻锦竹东路31号，邮编130115；净月街道：办事处驻东北师大对面，邮编130115；玉潭镇：镇政府驻福祉大路，邮编130115；新立城镇：镇政府驻下齐家窝堡，邮编130022；新湖镇：镇政府驻土别岭，邮编130022；幸福乡：乡政府驻幸福街。
南关区
2005年12月20日，长春市人民政府《关于成立临河、东方广场街道办事处的通知》（长府发53号）：经省政府批准，决定在南关区和二道区分别成立临河、东方广场两个街道办事处，交经济技术开发区代管。南关区临河街道办事处位于东环城路以西，自由大路以南，伊通河以东，卫星路以北，辖宏声村、宏明村、宏丰村、大榆树村、小河沿村，8个社区（浦东路社区、海口路社区、昆山路社区、威海路社区、临河社区、珠海路社区、北海路社区、卫星路社区）。辖区面积10.8平方千米，人口125795人。
2006年，成立鸿城街道、明珠街道（长府发14号）。截至2006年底，南关区辖14个街道、3个镇、1个乡，54个社区、36个村。
