解放以来，上海地区已出土的古文化遗迹共有25处，其中有7处在九峰范围内。但该地区正式见于史志，却是
在东汉末年。建安二十四年（219年），东吴名将陆逊因功封华亭侯，是九峰地区登上历史舞台的开始。
到元代，来九峰游览的名人更多了，如赵孟、黄公望、倪云林等人曾常住松江，曹知白、柯九思等甚至在松江定居，特别是曹知白，死后就葬在天马山。明清两代，文人骚客们热衷于在九峰建别业，如董其昌在佘山建有佘山草堂，何三畏在凤凰山建有拜石堂，王鸿绪购得李逢甲建于明代的别业改建为横云山庄等等，一时之间，九峰地区成了文人墨客们的聚集之地。明末大家陈继儒在东佘山筑东佘山居，就曾吸引徐霞客三访佘山，一些朝庭官员如钱龙锡等也经常来此讨教治国之道。
进入20世纪以后，每年春天都有大量的香客去天马山烧香，到5月，又有大量的天主教徒去佘山朝拜。
1934年，松江实业家殷石笙投资修筑了一条松江至佘山的公路，并在东佘山西南建立了车站、商店等设施，算是开启了佘山现代旅游的新起点。
1937年，日军侵占松江，天马山上峰寺被焚毁，寺中重1.8吨的铜观音被劫往日本。至解放前夕，除佘山植被未受严重破坏外，其余各山大都荒芜，有的成了荒山。
1953年6月，市建设委员会和市工务局对佘山地区作了一次较全面的调查,编写出《拟建佘山风景区初步踏勘报告》。
1958年11月,市农村工作委员会批准辟建佘山植物园，市园林管理处遂于1959年初建立佘山植物园筹建处,征用了佘山、凤凰山等处土地5630.3亩（375.35万平方米）。同年，市建设委员会批准筹建佘山风景区。
1960年初，市农村工作委员会决定将全部12座山都交给植物园筹建处植树造林。但是接踵而来的三年经济困难，使得植物园及风景区的许多筹建工作无法展开，只能在植树造林方面求得进展。通过几年的努力，东、西佘山的绿化面貌大为改观，原来完全荒芜的凤凰山等5座山头也披上一层淡绿。据1964年的调查，从1959年以来新植的苗木已成活30余万株，新成林2150亩（143.33万平方米），补种后抚育成林的1550亩（103.33万平方米）。“文化大革命”开始以后，辟建佘山植物园被认为是“修正主义园林路线的产物”，市园林处革命委员会于1968年6月上报要求撤销植物园。这份报告于1969年1月经市革命委员会批准，松江县随即接管了佘山植物园的土地，建立了松江县林场。
1984年6月，上海市淀山湖风景区管理委员会成立。次年10月，该会与松江县政府联合调查佘山地区的风景
资源，同时又与市规划设计院联合组成佘山风景区规划工作小组，并于是年编写出《佘山风景资源调查报告》和《佘山风景区总体规划》。
1986年1月，松江县政府在县建设局下成立佘山风景区筹建组。
1988年4月改在县农业局下设佘山风景区管理处，并与县林场合署办公。
1993年2月成立由县政府直接领导的佘山风景区管理委员会。
1993年5月，国家林业部批准建立包括12座山头在内的佘山国家森林公园。公园采取与上海市纺织品进出口公司联合开发的办法，筹措建园资金1000多万元，在东佘山修复和辟建景点，东佘山景区规划由程绪珂、周在春等负责。经过整修后的东佘山园于1994年11月首先开放，与松江县几个单位及佘山镇共同投资建设的佘山客运索道也同时投入运行。
1995年5月，与佘山天主教堂、上海天文台等景点组成的西佘山园开放。
1995年8月，国务院批准建立面积为46.26平方公里的佘山国家旅游度假区，森林公园占全区总面积的8.7%，是区内重要的旅游项目之一。
2006年8月31日，经国家林业局批准，佘山国家森林公园成为首批获得中国国家森林公园专用标志使用授权的国家级森林公园。
