造成公益诉讼处境尴尬的原因是多方面的，包括制度设计的缺陷、法院审判能力的欠缺以及政府和公众为公益诉讼意识淡薄等等，大体可归纳为以下几点：
1.我国法律制度排斥非刑事性公益诉讼
在中国现行的三大诉讼法中，唯一明确公益诉讼的是针对危害国家利益、社会公利益的犯罪行为，授权检察机关向人民法院提起刑事诉讼，除此之外，立法上没有关于公益诉讼的踪迹，无法对损害公益的行为进行法律追究。我国《民事诉讼法》对原告资格采用“适格说”，即原告必须是与本案有直接利害关系的公民、法人和其他组织。在行政诉讼领域，原告的主体资格取决于“是否有法律上的利
害关系”，只有公民、法人或其他组织认为具体行政行为侵犯其合法权益时，才有权提起行政诉讼。从法律制度设计上排除了公益诉讼存在的可能性，这也是近年来许多公益诉讼虽然引起媒体和公众的广泛关注却得不到法律支持的最根本原因。
2.公益诉讼得到公众的称赞却没有得的公众的响应
违法行为侵害了国家利益、公利益、但并未给公众、社会组织造成直接经济利益的损失，所以，现实生活中，公众大多会采取?“袖手旁观，明哲保身”的态度，不愿提起公益诉讼。一方面是由于我国相当多的民众和社会组织的法律意识比较淡薄的，另一方面是对手相对强大，弱者屈于压力，被迫忍气吞声。因此，以实际行动支持公益诉讼的人太少。
3.公益诉讼受到政府的关注却没得到政府的支持
公益诉讼往往涉及重大的公民权利和社会问题，牵涉众多，一般都会引起社会的广泛关注，对政府造成极大压力，这可能是政府不能接受和支持的一个因素。2006年02月14日《国务院关于落实科学发展观加强环境保护的决定》曾指出要“发挥社会团体的作用，鼓励检举和揭发各种环境违法行为，推动环境公益诉讼。”然而，事实是公益诉讼案件依然是立案难、胜诉难；政府方面没有出台任何鼓励公益诉讼的措施，相反，主管律师业务的行政机关和协会却从上往下传达了不鼓励律师从事公益诉讼的信息。
4.公益诉讼举证困难导致最终败诉
我国《民事诉讼法》第64条第1款规定，当事人对自己的主张，有责任提供证据。简言之，就是“谁主张，谁举证”。在公益诉讼中，原告一方多是公民个人和社会团体，而被告往往是享有某些特殊权力或拥有先进科学技术的企事业单位，对处于劣势地位的原告一方，要求其对被告的违法行为提供相应的证据加以证明，难度相当大。在实践中，因原告举证不能而败诉的公益诉讼屡见不鲜。
