1951年8月之前，分别隶属于集宁县第一、四区和城管区。之后，马莲渠乡的15个自然村归分为两个行政村（南河渠行政村、李化沟行政村），由平地泉镇管辖。
1952年，南河渠行政村改为东郊乡，李化沟行政村划入西郊乡。
1953年，将原属中心旗的霸王河等3个自然村划入西郊乡（后改为纳森格勒乡），将集宁县的小贲红等7个自然村划归东郊乡。
1958年，东郊乡并纳森格勒乡，人民公社化归老平地泉公社管辖。
1962年，马莲渠人民公社成立。
1966年，马莲渠公社更名为红卫公社。
1984年，社改乡时，红卫公社改称马莲渠乡。马莲渠是一自然村名称。初开垦时，这里是一片低洼的草地，因内有一大水坑，且四周长满一尺多高的马莲，小村因此而得名。
1984年，社改乡后，辖7个行政村、28个自然村，常住人口4757户，17321人。
1993年贾家自然村改为居委会，划归工业区办事处。
至2006年4月撤盟设市时，马莲渠乡辖7个村委会、面积80平方公里，人口2.96万人。
2006年5月撤乡并镇时，将2004年集宁撤市设区时从察右前旗划回黄家村乡中的原三城局乡划归马莲渠乡。马莲渠乡辖16个村委会，面积229.8平方公里，人口3.6万人。
2006年改造城中村时，马莲渠乡10个“城中村”划归市区的街道办事处。现马莲渠乡在，面积220.7平方公里，耕地面积2.5万亩，大棚1950个。辖10个村委会、57个自然村，人口2.7万人。现马莲渠10个村委会为：小贲红、榆树湾、翟家沟、贾家村、霸王河、李长庆、三城局、六号渠、大十号、师家村。
马莲渠乡现在干部职工144人，其中在职89人，离休5人，退休51人。
2008年，区委、政府决定建设马莲渠乡新集镇，将处于市区怀远路集宁宾馆旁的马莲渠乡政府办公地点拍卖，乡政府向北迁移，新址选在霸王河北岸、集科公路西侧的区域。
