普宁始建城于明朝嘉靖年间，普宁的首置名称在上个世纪有较大的争议。作为普宁最早的地方志，明万历《普宁县志略》记载初置即名普宁，表述相同的还有万历《广东通志》、《明史》及郭子章《潮中杂纪》，认为取“普遍宁谧”之意名普宁。而清代顾祖禹《读史方舆纪要》则称安普县，《大清一统志》以及后来的《潮州志》则沿袭了初取“普遍安宁”之意名普安的说法。
1986年在普宁首治贵屿一座三山国王庙外墙发现的“去思”碑否认了前两种说法，证明初置即“赐名普宁，是潮之剖为普也”，并沿用至今。
普宁设治前
普宁历史悠久，在三四千年前已有先民生息。先秦时中原各政权并没有对普宁一带有实际的控制，直至秦汉时期方纳为中原王朝疆土。汉时隶属南海郡，东晋成帝咸和六年（331年），隶属潮阳县。公元523年，隶东扬州，划入福建。
隋文帝开皇十年（590年），全国撤郡设州，义安郡属循州之义安县，翌年，命名“潮州”，义安县为州治。 隋朝开皇十二年(西元592年)，潮州划入福建。隋炀帝大业三年（607年），全国罢州复郡，潮州复改为义安郡，隶东扬州，再次划入福建。
唐贞观三年（公元629年）再次划入福建，隶属江南道福建经略史。唐垂拱二年（公元686年），割泉州南部（此时泉州州驻地为今天的福州，今天的泉州在唐朝久视年间（公元700年）才最后定设州，前面几次裁撤）和潮州一小部分，设置了漳州。唐景云二年（公元711年），再次划入福建，潮州先后隶属江南道福州都督府，闽州都督府和福建经略使、福建观察史。唐玄宗天宝元年（742年），全国改州为郡，潮州因此易名为潮阳郡。
南宋末年，因逃避战乱，十几万福建莆田人移民到潮州汕头揭阳一带，迁来普宁揭阳一带的莆田人思念故乡，普宁可能取“莆田安宁宁谧”之意，莆谐音普，命名普宁。
普宁设治后
普宁是传统的潮州八邑之一，明、清时期隶属广东省潮州府；明代属岭东道潮州府，清代属惠潮嘉道潮州府。
明嘉靖四十二年（1563年）正月，朝廷决定从广东省潮州府潮阳县分出洋乌、戎水、黄坑三个都的地域新置普宁县，面积约1000平方公里。
明嘉靖四十四年（1565年），第一任知县赵钺到任，县署寄设在潮阳县贵屿的民舍。
明万历十年（1582年），洋乌、戎水两都划属潮阳县，普宁县仅存黄坑都，分上、中、下社，面积456平方公里。
明万历十四年（1586年），县治迁于厚屿（洪阳）。
清雍正十年（1732年）六月，朝廷批准将潮阳县戎水都170个村、贵山都西半部93个村、洋乌都尾段45个村划归普宁县，连同原黄坑都357个村，普宁辖地约1052.25平方公里。
中华民国时期，先后隶属广东省潮循道、东江行政委员公署、第五区行政督察专员公署。
1935年10月1日，广东省政府划普宁县大南山41个村，面积共132.75平方公里，属南山管理局（县级），普宁县面积为919.50平方公里。
1949年7月1日，普宁县人民政府成立，定县城于流沙。
中华人民共和国成立后，先后隶属广东省潮汕专区、粤东行政区、汕头专区、汕头地区、汕头市、揭阳市。
1950年3月15日，广东省人民政府作区域调整：将惠来县的南阳山区和陆丰县的大坪乡等505个村，南山管理局的锡坑乡，揭阳县的九斗、乌石村等地划归普宁县。
1950年6月，将普宁县的考溪、日路两个村和棉湖东关桥、新寨等划归揭阳县；将普宁县的贵屿贵玉乡、南安乡和石桥头西乡及军埠村划归潮阳县。
1958年5月，广东省人民委员会决定，将潮阳县的大长陇乡（山柄村外）、陈店乡的石港、浮屿村和石船乡的碗仔、百吉岭、白马柯、洋下、白沙溪、岭尾、打古潭、望岭、龙潭等村划归普宁县。
1958年12月，惠来县的惠城、隆江、葵潭等人民公社并入普宁县。
1961年3月，惠来县恢复建制，原惠来县上述人民公社析回。
1975年2月，汕头地区革命委员会决定，将普宁县的贡山、湖西、四乡等3个村划归揭西县，普宁县面积为1591.55平方公里。
1993年4月6日，国务院批准，民政部批复，撤销普宁县，设立普宁市（县级），由广东省直辖、广东省人民政府委托揭阳市代管。经1993年土地详查和2000年广东省勘界，普宁市与周边县、市、区边界划定，普宁市土地面积为1620平方公里。
2012年7月1日起，普宁纳入广东省省直管县财政改革第二批试点范围。
