清乾隆四十年(1775年),划民安、翔风两里及同禾里的五、六、七都设散厅,称马巷厅,隶属于泉州府。
光绪年间,万友正曾经为“马巷厅”编写过《泉州府马巷厅志》18卷,为清代福建省地方方志史料之一。
民国时期,全国实施“废厅改县”,废除马巷厅,理应改制为“马巷县”。但意外的是,当时马巷厅并没有被因此改制为“马巷县”,而是马巷镇改归同安县管辖,同安县方面再派“马巷县佐”来镇上治理。
1955年10月,改设马巷乡,并归马巷区。
1956年6月,复称马巷镇。
1959年2月,改设马巷公社。
1961年9月,原马巷镇区称马巷公社(仅有五星大队),归马巷区管辖。
1964年4月,原马巷镇区5个村划归马巷公社。
1984年4月,马巷公社更名后滨乡,马巷镇恢复。
1987年,后滨乡撤销并划归马巷镇。
1997年05月01日,同安撤县设区,属于同安区。
2003年10月设立翔安区,划归翔安区管辖。
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