2005年,经江苏省政府(苏政复[2005]29号文件)和扬州市政府(扬府复[2005]10号文件)批准,江都区进行乡镇行政区划调整:将双沟镇与江都镇合并设 立仙女镇,镇政府驻江都区城区。行政区划 调整后,仙女镇行政区域面积140.38平方千米,人口23.6万,辖19个居委会、43个村委会。汉朝时名蔡家庄,元朝时称黄塘,明末清初始称仙女镇。《后汉书、郡国志》等史籍载有杜康二女在此得道升仙的传说,“仙女庙”因此而得名。
1949年解放,称仙女镇,1966年5月更名为江都镇,1978年7月改为县属镇。
1994年7月,江都县撤县设市,江都镇为区直属镇。
1995年3月,正谊乡境内4个村划入;2000年4月,原砖桥镇并入归江都镇;2001年9月,原张纲镇并入江都镇。2005年5月,经省政府批准,将双沟镇 与江都镇合并设立仙女镇,镇政府驻江都 区城区。行政区划调整后,仙女镇行政区域面积140.38平方千米,人口23.6万,辖19个居委会,43个村委会。5月21日正式挂牌成立。