公元3世纪时，港口遭到处于沙普尔一世的统治之下波斯萨珊王朝的入侵。在公元7世纪时期，马斯喀特地区的居民改宗伊斯兰教。而马斯喀特作为一个贸易港口的重要性使得城市在接下来的几个世纪里不断发展，并处于当地阿兹德部落的影响下。在公元9世纪第一个教长国的建立使得将各个阿曼部落统一在伊斯兰教伊巴迪教派（阿拉伯语： ?????? Ibā?iyya）旗帜下的愿望迈出了第一步。然而部落间的冲突仍在继续，使得首都在巴格达的阿巴斯王朝的哈里发派兵征服了阿曼。阿巴斯王朝一直占领这一地区直到公元11世纪，当地的亚赫马德部落将他们赶出这一地区。而阿曼地区的统治者由亚赫马德部落到阿兹德部落，在他们的统治下，海岸地区的港口城市如马斯喀特等地的居民通过海上贸易使得城市更加繁荣，并与印度次大陆结为紧密的联盟，但却付出了与阿曼内陆地区的居民更加疏远的代价。
1507年7月，葡萄牙征服者阿方索·德·阿尔布开克率军队攻击了马斯喀特，葡萄牙人在经历了与当地忠于波斯政府的军队的血战之后攻下了这座城市。在马斯喀特被攻陷之后，阿尔布开克屠杀了大部分幸存下来的当地居民，包括男人、女人和孩子，随后城市被占领和洗劫。葡萄牙人在马斯喀特维持了超过一个世纪的稳定统治，尽管在此期间他们要面对波斯人的挑战，并在1546年遭到了奥斯曼土耳其帝国的炮击。在1552年和1581-1582年间，奥斯曼土耳其帝国两次从葡萄牙人手中夺取了马斯喀特。1624年纳希尔·本·穆尔希德·阿勒亚里比当选阿曼伊玛目（伊斯兰教长）改变了这一地区波斯人、葡萄牙人和当地阿曼阿拉伯人实力对比的平衡。1648年8月16日伊玛目派遣军队进入马斯喀特，占领并摧毁了葡萄牙人的高塔，削弱了他们对于城市的控制力。1650年一小撮坚定忠于伊玛目的军队果断的在晚上攻击了港口，最终迫使葡萄牙人于1650年1月23日投降。一场内战和18世纪波斯帝国纳迪尔沙赫反复的入侵动摇了这一地区稳固的统治，使得马斯喀特居民与阿曼内陆居民的关系进一步紧张了起来。阿曼地区权力的真空导致赛义德王朝的出现，从那时起，这个王朝就一直统治着阿曼。1784年赛义德王朝在此建都。
19世纪阿曼和马斯喀特苏丹赛义德·本·苏丹（阿拉伯语：???? ?? ??????,Sa‘id bin Sul?ān）重建了马斯喀特的海军和军事力量。在他统治期间马斯喀特控制了桑给巴尔岛，甚至在1840年他将他的首都搬到了桑给巴尔城的古老的石头城中。然而在他于1856年去世后，桑给巴尔脱离了马斯喀特的统治，并在他第六个儿子赛义德·马吉德·本·赛义德的治下成为了一个独立的苏丹国。同时他的第三个儿子赛义德·图瓦尼·本·赛义德则成为了阿曼苏丹。在19世纪下半叶，阿布赛义德王朝的命运开始走向衰退，并与内陆的伊玛目冲突不断。1895年和之后的1915年，马斯喀特遭到了内陆部落的攻击。通过英国人的斡旋才达成了试探性的停火。英国人也给予了内陆更多的自治权。然而内陆各个部落之间的冲突仍然不断。随着马斯喀特和阿曼苏丹的统治一直维持到20世纪50年代，最终这些冲突升级为了佐法尔暴乱（阿拉伯语：???? ?????），暴乱使得苏丹赛义德·本·泰穆尔（阿拉伯语：???? ?? ?????）向英国人寻求援助以镇压内陆的起义和暴动。
1966年4月26日赛义德·本·泰穆尔遭到暗杀，但所幸他躲过一劫。但这也导致了苏丹遭到进一步的孤立。在内战中他将他的住处从马斯喀特搬到了萨拉拉（阿拉伯语： ?????，?alāla）。
1970年7月23日，他的儿子卡布斯·本·赛义德在英国人的帮助下于塞拉莱的王宫发动了一场不流血的政变，成为了统治者。
通过英国人的援助，卡布斯·本·赛义德平定了佐法尔的暴乱并击退了南也门游击队的进攻，并统一了各个部落。他将国家重新命名为阿曼苏丹国（阿拉伯语： ????? ?????Sal?anat ?Umān），并尝试结束了内陆地区对于马斯喀特的孤立。卡布斯召入了大量有才学的阿曼人在他的新政府中任职。 二十世纪六十年代，这里还是一个七、八千人口的简朴的中世纪城镇。通过诸如阿曼石油发展公司等企业来推动国家经济发展，政府当中为社会服务的部门如卫生部和教育部也建立起来。而最初由赛义德·本·泰穆尔构想的建立的一座新港口也在卡布斯统治的早期建立起来并命名为卡布斯港。同样，一座新的国际机场也在马斯喀特的锡卜区建立起来。由各个部门、仓库、商店和居民区组成的城市将马斯喀特港由原来的小渔村改造成了商业区。在1976年马斯喀特的第一个五年计划强调了基础设施的发展。而在20世纪80年代到90年代间这个计划提供了新的贸易和旅游机会，并吸引了附近地区的移民前来居住。2007年6月6日戈努大飓风侵袭了马斯喀特，导致了城市财产、基础设施和商业活动遭到巨大破坏。
1588年葡皇菲利普二世命令驻军在马斯喀特港湾修建遥相对峙的米拉尼城堡和贾拉利城堡，它们至今还在。 自公元2世纪起，马斯喀特就已成为连接亚洲、非洲和欧洲航线上的海运中心，它是古代中国和阿拉伯国家贸易的重要港口，是海上“丝绸之路”的重要一站。
