已有先民活动。唐开元二十六年（738年）始称慈溪，县治在今之慈城。
春秋时属越，并吴后置句章城，为句章地。战国时楚灭越，又属楚。秦灭六国，推行郡县制，置句章县，属会稽郡，县治在城山渡（今余姚市河姆渡东5里），历两汉、三国不变。东汉并曾为会稽东部都尉治。东晋隆安四年（400年），孙恩起义军由海道入浃口，句章城为所残破，遂迁治小溪（今鄞州鄞江桥）。隋开皇九年（589年），省余姚、鄞、3县入句章县。
自秦始皇二十六年置句章县至唐武德四年废，凡842年，慈溪地域归其属。此后百余年，先后属鄞州和县。现境姚北部分，自秦汉至唐初，先后属余姚县。
唐武德四年（621年），废句章县，析置鄞州、姚州。唐武德七年，废姚州仍为余姚县。唐武德八年，废鄞州，复县，属越州。
北宋建隆元（960年），改明州望海军为明州奉国军。太平兴国三年（978年），吴越归宋，国除。太宗平诸国后，因唐之旧置13道，慈溪县隶属江南东道明州奉国军。淳化五年（994年）罢道。至道三年（997年）分天下为15路。天圣八年（1030年）增为18路。元丰中（1078～1085年）又析为23路。慈溪县历属明州，隶两浙东路。
南宋绍兴二年（1132年），复分两浙路为两浙东路、两浙西路，慈溪属明州，隶两浙东路。绍熙五年（1194年），宁宗即位。翌年，改元庆元，以明州为宁宗潜邸，遂以年号为名，升明州为庆元府，慈溪县属之，仍隶两浙东路。
元世祖至元十三年（1276年），于庆元府置宣慰司。十四年改庆元路总管府。大德六年（1302年），浙东道宣慰司都元帅府自婺州（今金华）移庆元，慈溪县属江浙行省浙东道宣慰司。元末，庆元路为方国珍所据。元至正二十七年（1367年），朱元璋降方国珍，改庆元路为明州府，隶浙江行中书省。
明洪武九年（1376年），改行中书省为承宣布政使司。洪武十四年，避“明”国号讳，改明州府为宁波府。永乐十六年（1418年），慈溪失县印，恐为歹徒所得，请于朝，诏更铸，改溪从谷，遂改慈溪为慈溪，仍属宁波府，隶浙江承宣布政使司。
清初，改浙江布政使司为浙江省，省县之间设4道。慈溪县属宁波府，隶浙江省宁绍台道。咸丰十一年（1861）十一月，太平军李世贤部攻占宁波，曾一度改宁波府为宁波署。
民国元年（1912年），废府，慈溪直属浙江省军政府。
民国3年，于清宁绍台道范围置会稽道，道尹行政公署驻鄞县，慈溪县隶属浙江省会稽道。
民国16年，国民政府迁都南京，废道制，慈溪直属浙江省政府。
民国21年，浙江省设行政督察区，慈溪县属第五行政督察区，专员公署驻鄞县。24年后，又历属第六行政督察区（24～35年，专员公署驻鄞县）、第三行政督察区（36～37年，专员公署驻余姚）、第二行政督察区（37年4月以后，专员公署驻余姚）。州、余姚县。
1949年5月24日，慈溪县治孝中镇（今宁波慈城镇）解放。
1949年6月5日，浙江省第二区专员公署在宁波成立。10月改称宁波专员公署
，慈溪属宁波专员公署。
1954年行政区域调整，现市境为原慈溪、余姚、镇海三县的北部组成（俗称“三北”）。
1954年10月，为建立商品棉基地，调整县域，将慈溪的丈亭、陆埠、城关、云山4个区和慈城镇划归余姚县，庄桥区分别划归宁波市和镇海县，余姚县周朝区、逍林区、浒山区、周行区、泗门区、临山区等5个区的部分和镇海县龙山区的北部划归慈溪县。县治从慈城镇迁至浒山镇。
1956年6月，原直属宁波专署管辖的庵东盐区归属慈溪县。
1956年，国务院公布《汉字简化方案》，复慈溪为慈溪。
1970年改专区为地区，慈溪县属宁波地区。
1983年，宁波地区撤销，并入宁波市，实行市管县体制，慈溪县属宁波市。
1979年9月，为完善水利条件，县境再度调整，以泗门区划归余姚县，余姚县以龙南区（今横河区）划入慈溪县，形成现有境域。
1988年10月13日，经国务院批准，撤销慈溪县建制，改设慈溪市（县级），仍属宁波市，区、乡（镇）行政区划不变。
1992年5月，推行撤区、扩镇、并乡工作，撤销原有的8个区公所、65个乡镇，扩并为21个镇和2个乡，开始实行县（市）直辖乡镇的行政体制。
1997年11月16日，浙江省民政厅批复同意慈溪市小安乡撤乡建镇，并更名为杭州湾镇。
2001年10月，慈溪市调整部分镇行政区划。浒山、宗汉、坎墩3个镇分别改为浒山、宗汉、坎墩3个街道办事处，实行街道办事处管理行政村的体制，办事处作为市政府的派出机构。观城、师桥、鸣鹤三镇合并设立观海卫镇。周巷、杭州湾两镇合并设立新的周巷镇。
2008年7月，调整部分镇街道行政区划。龙山，范市，三北三个镇合并设立新的龙山镇、浒山街道以新城大道和三北大街为分界线，设立三个街道办事处，新城大道以东为白沙路街道，三北大街以南为浒山街道，以北为古塘街道。
2013年5月，天元镇建制撤销，其行政区域并入周巷镇，成立新的周巷镇。
