大汉溪最早称为“大姑陷”,源自于平埔族霄里社人称其为“Takoham”之音译,后来因“陷”字不吉祥,乃依月眉位于“河崁”之地的天然地势,将“大姑陷”改称“大姑崁”。清同治四年(1865)为庆贺月眉李腾芳中举,遂改称“大科崁”。其后福建台湾巡抚刘铭传将之改为“大嵙崁”。日大正九年(1920)改为“大溪川”。然民间仍习称大嵙崁港,系因闽南河洛人,习惯上将“溪”和“港”并用。台湾光复后,省政府于1959年公告改为今名。
自二甲九(今莺歌区二甲里)至摆接(今土城区)这一段,清代称为“摆接溪”。
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