元11世纪，印第安人以库斯科城为首府，在高原地区建立了“印加帝国”，农业和手工业高度发展。13世纪，属于奇楚亚的印加部落自库斯科盆地向外扩张，1438年占领整个秘鲁和附近一些地区，建立以库斯科为首府的印加帝国（见印加文明）。1531年，F.皮萨罗率西班牙远征队侵入印加帝国，翌年11月16日在卡哈马卡诱俘了印加国王阿塔瓦尔帕,勒索大量财宝后背信弃义地将他处死。1533年，秘鲁沦为西班牙殖民地。
1542年，西班牙王室在利马设总督府，建立秘鲁总督区，成为西班牙在南美殖民统治的中心。当时秘鲁商业发达,商人操纵着大部分南美的进出口贸易,西班牙人从南美掠夺的贵重金属及其他物资均从秘鲁运出。殖民者在秘鲁大肆侵占土地,强制推行“米塔制”,迫使印第安人到矿场从事奴役性劳动，致使印第安人大量死亡。为反对西班牙殖民统治，印第安人举行过多次起义，其中规模较大的有1535年的曼科起义、1742年的胡安·桑托斯起义和1780～1781年的图帕克·阿马鲁起义。
1821年7月28日宣布独立，建立秘鲁共和国。1835年10月28日玻利维亚和秘鲁正式合并，称秘鲁—玻利维亚邦联。1839年2月20日邦联彻底瓦解。1854年废除奴隶制。1879～1883年，秘鲁联合玻利维亚同智利进行争夺硝石产地的南美太平洋战争。秘鲁战败后，智利夺取了世界最大的硝石产地塔拉帕卡省，并控制了秘鲁的塔克纳、阿利卡两省。
1929年双方经过和平谈判，秘鲁收回塔克纳省。
1933年与哥伦比亚发生边界战争，秘战败。
1948年10月奥德利亚发动军事政变上台。
1963年6月人民行动党贝朗德·特里当选总统。
1968年10月3日贝拉斯科陆军中将发动政变后出任总统。
1975年8月29日莫拉莱斯将军接管政权，1977年宣布“还政于民”。
1980年举行民主选举，恢复文人政府。
1990年至2000年，“改革90”领导人藤森(日裔)两任总统，2000年11月辞职流亡日本。2001年至2006年，“秘鲁可行”党领导人托莱多任总统。2006年至2011年，阿普拉党领袖加西亚任总统。2011年7月28日，民族主义党主席乌马拉就任总统，任期5年。
