民国31年(1942年),桐档镇改为自井镇。
1943年,桐垱镇改名为自井镇。
民国33年(1944年)改镇为区,自井镇改为第一区,长丘镇改为第二区,直至自贡市解放。
1953年改为自流井区。所辖的4个乡合并为红旗、永胜两个乡,6月,两乡划郊区管辖。
1957年1月,大安区合并于自流井区,1960年两区又分设。
1960年6月,和平、凤凰和红旗三个公社先后划归自流井区。
1979年7月,三个公社又划归大安区,自流井区成为纯城市区。
1997年,自流井区面积12.6平方千米,人口19.9万,辖4个街道,区政府驻解放路。
2000年,根据第五次人口普查数据,总人口206060人,其中:五星街街道 57993 东兴寺街道 76137 新街街道 27247 郭家坳街道 44683
2004年,自流井区辖4个街道(五星街、东兴寺街、新街、郭家坳街)。
2005年6月15日,将自贡市大安区的红旗乡,沿滩区的仲权镇、舒坪镇、高峰乡、农团乡、漆树乡和贡井区的荣边镇划归自流井区管辖。从此结束纯城市区的历史。