属江苏省南汇县第一区管辖。
民国二十三年（1934年），南汇县由原十区并为八区，万祥地区仍属第一区管辖，此隶属关系一直延续到抗日战争爆发。
民国二十六年（1937年），日军入侵，国家沦陷达8年之久，南汇县改设为上海市南汇特别区，下设八个分区，万祥地区属第八分区管辖。
民国三十四年（1945年），抗日战争胜利。南汇县恢复抗日战争前的八区建置，万祥地区仍属第一分区管辖。
民国三十六年（1947年），国民党发动内战。为了便于其统治，在南汇县实行撤区并乡，全县划分38个大乡，万祥地区属万安乡管辖。
1949年5月，南汇解放。南汇县人民政府下设六个办事处，万祥地区属第六乡镇联合办事处管辖。是年9月，建立区、乡、村民主政权。此时万祥地区成立金陵乡、新石乡、新万乡、北窑乡、新北乡、路北乡六个乡。
1954年8月，南汇县实行并乡，原6个乡合并为金陵乡、新石乡、北窑乡、邬店乡4个乡。金陵乡和新石乡归大团区管辖，北窑乡归泥城区管辖，邬店乡归老港区管辖。
1955年，随着农业合作化运动的发展，村级建制撤销，成立高级农业生产合作社。此时万祥地区设有12个高级农业生产合作社。
1957年9月，南汇县实行撤区并乡，此时万祥地区归金陵乡、新港乡、书院乡管辖。
1958年3月，南汇县从江苏省划出，归上海市管辖。9月，实行“政社合一”，万祥地区、书院地区合并为书院人民公社。公社下设营、连建制，实行组织军事化，行动战斗化，生活集体化。万祥地区属书院人民公社管辖。
1959年6月，万祥地区从书院人民析出，独立建置，成立万祥人民公社。营、连体制撤销，人民公社下设生产大队和生产小队。
1984年4月，实行政社分设，恢复建立万祥乡人民政府，下设村民委员会、村民小组。
1991年1月20日，万祥乡所属集镇区域成立居民委员会。
1995年7月13日，万祥撤乡建镇，实行镇管村体制下辖15个行政村和一个居委（150个村民小组和4个居民小组）。
2001年8月，南汇撤县建区，万祥镇属上海市南汇区管辖。
