1、商标与商号的现有管理体制中存在缺陷
这种冲突是我国商标注册与企业名称登记管理体制实行条块分割的结果：即条分割指商号与商标的分别保护，即商号保护与商标保护没有统一于知识产权法体系下；块分割指商号与商标登记按级别区域进行，其相关日常管理和保护由不同的部门管辖。根据有关法律规定，商标注册由国家商标局统一注册；商号归入企业名称的登记管理范围，企业名称登记分别由国家与地方各级工商行政管理局分别登记。因而出现商标权效力范围是全国，商号权效力范围则有全国范围和地方范围之分。然而，市场经济条件下全国性企业与地方性企业之间的市场竞争并没有地域范围的界限，这一些体制上的硬伤和缺陷，客观上为那些恶意注册或登记者打开了方便之门。于是，一些企业抓住这种“条块分割”的缺陷，为谋取不正当利益，恶意利用知名企业的商标或字号，损害了其他企业的市场利益，误导消费者，从而引发了商号权与商标权之间的冲突。
2、现行法律规范中存在法律漏洞
1993年的《商标法实施细则》规定，对侵犯他人合法的在先权利的注册商标可以撤销，但该《实施细则》中对“在先权利”没有列举也没有对其内容进行明确的界定。实践中，国家商标局商标评审委员会也多以外观设计专利权或著作权作为在先权利予以考虑，而并不将商号权划人在先权利的范围内。2001年第二次修改的《商标法》虽然在总则中增加了第九条，但该法仍然回避了在先权利范围界定这一问题。而且，依照1993年修改的商标法，连续使用至1997年1月1日的服务商标或商号，即使与他人注册的服务商标相同或近似仍可继续使用。在这种相对不确定的法律环境下，将他人在先登记的知名商号注册为商标使用，不仅在实体上是合法的，在程序上也是轻而易举的。商号登记对于“在先权利”的排除力就更加微弱。1991年《企业名称登记管理办法》只在第九条中规定“企业名称不得含有可能对公众造成欺骗或误解的内容和文字”。实际上，能够获得注册的商标一般都在最大程度上被排除了“欺骗或引人误解”的因素，故将他人在先注册的商标登记为企业名称在目前这种非常宽松的登记制度下是很容易实现的。由此可见，我国现行法律规范中的法律漏洞为商标与商号的权利冲突提供了便利的条件。
在司法实践中，由于我国现有的商标法及其实施条例以及企业名称登记管理规定与其实施办法均没有对商号权与商标权的法律冲突有较为明确的规定，所以客观上也多少存在着一些“无法可依”的尴尬局面。为了试图解决商号与商标的法律冲突的问题，国家工商行政管理局曾于1999年4月5日颁布了《关于解决商标与企业名称中若干问题的意见》，其中，第四条规定：商标中的文字和企业名称中的字号相同或者近似，使他人对市场主体及其商品或者服务的来源产生混淆（包括混淆的可能性），从而构成不正当竞争的，应当依法予以制止。第五条又对于“混淆”作了范围界定。应该说，意见的出台对于解决商号与商标的法律冲突，提供了一定的法律依据。但是该意见条文较为原则，如究竟何种情况下认定为恶意注册或者恶意登记等，意见并没有进一步论及，所以不太具有可操作性。而且该意见从立法层次上也明显偏低，在司法实践中，尤其是进入到审判过程中，不能被直接予以适用。没有体系化的法律依据使侵犯者常存有侥幸心理，从某种意义上助长了两权纠纷在现实中的激烈化程度。
3、经济利益驱动下的考量
商标与商号同为识别性的标示，它们均是企业商业信誉的载体，不仅能折射出企业的经营信用、管理水平和技术能力，也代表着商品质量和服务水平，能够引导社会公众进行消费选择，蕴藏着巨大的财产利益。正因如此，在激烈的优胜劣汰的市场经济大环境中，商事主体更加意识到这两种标示对占领市场、扩大影响、获得更大利润具有多么重要的作用。一部分企业总是千方百计地不断提升商标与商号的市场知名度，力求提供高质量的商品和服务，以赢得消费者的信赖同时也赢得市场。但其他的经营者却被如此高的商业信誉和市场高回报额所深深吸引，往往利用他人的商标或商号做成自己的商标或商号，以攫取著名商标、知名商号所带来的巨额商业利益。可见如此权利冲突的原因是利益驱动所造成的。
