交州合浦郡,南朝末元嘉设末寿郡,梁代设安州。
唐武德五年改宁越郡为钦州总管府,元改为钦州路。
明、清时属永乐乡,民国19年始设黄屋屯镇,民国30年改为乡。
中华人民共和国成立后,1950年划为黄屋屯乡,1951年春分为12个小乡(镇) ,1957年7月拨入钦北壮族自治县 ,12个小乡合并为黄屋屯、屯安、屯显3乡,1958年秋并入大寺大公社, 11月15日随钦北县并回钦县,设黄屋屯大公社,1959年分设黄屋屯公社。
1984年9月改为乡,1989年9月复为镇,镇治所在黄屋屯圩。
1994年6月28日,经国务院批准,撤销钦州地区,设立地级钦州市,钦州市分钦南区和钦北区,黄屋屯镇属钦南区。
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