约公元前10000年，在今波哥大附近存在着狩猎-采集的社会形态。在公元1千年左右，美洲的印第安人创造了一种政治制度。它为金字塔型的结构，塔顶为首领。在今哥伦比亚，有两个文明采用了这种复杂的制度。一个是加勒比区域的泰罗那（Tayronas），另一个为波哥大附近的穆西卡（Muisca）。穆西卡也可译为奇布查族。
独立前的哥伦比亚哥伦比亚的土著居民是奇布查印第安人。他们用木制和石制的工具种植玉米、木薯等农作物，织棉布。该地区是古代南美著名金矿产地，奇布查人具有较高水平的黄金装饰艺术。
哥伦比亚殖民时代
1501年，西班牙人R.de巴斯蒂达斯首先到达哥伦比亚北部海岸，1525年建立了圣玛尔塔城。1533年，P.de埃雷迪亚又建立了卡塔赫纳。1535年，G.希门尼斯·德·克萨达率西班牙殖民军进入哥伦比亚内地，征服了奇布查人，建立波哥大城，从此哥伦比亚沦为西班牙殖民地。初
属秘鲁总督管辖，1718年西班牙王室在波哥大设置新格拉纳达总督后，由该总督直接统治。在西班牙殖民统治下，印第安人受到残酷剥削，土生白人也遭受种种压榨。印第安人不断发动起义，土生白人也于1781年举行过起义（见新格拉纳达市民起义）。
1808年拿破仑一世侵入西班牙的消息传到哥伦比亚后，该地人民立即掀起了独立运动。1810年7月20日，波哥大爆发了大规模反对西班牙殖民统治的暴动，逮捕了新格拉纳达总督。1811年11月，各地代表在波哥大组织国会，成立了新格拉纳达联合省政府，并于11月11日宣布独立。但是昆迪纳马卡没有承认这个联邦。在1812年底，在形成政体的争论最终导致内战。1814年又再一次爆发。1815年中，一支大规模的西班牙远征军抵达新格林纳达。推翻了联合省政府。16年五月，保皇党控制了整个新格林纳达。1815年西班牙殖民者卷土重来。1819年8月7日，S.玻利瓦尔领导起义军在博亚卡战役大败西班牙殖民军，10日攻克波哥大，从此结束了西班牙的殖民统治。
哥伦比亚大哥伦比亚
1815年，玻利瓦尔在《牙买加来信》中设想，当南美洲从西班牙殖民统治下获得解放后，新格拉纳达和委内瑞拉应组成一个国家，取名“哥伦比亚”。1819年 8月，玻利瓦尔率领的爱国军在波亚卡战役中击败西班牙西班牙殖民军，解放了波哥大。于是，新格拉纳达和委内瑞拉的大部分地区已获解放。玻利瓦尔在征得新格拉纳达爱国军民的同意后，于同年12月在安戈斯图拉召开的委内瑞拉国会中建议委内瑞拉同新格拉纳达联合组成一个统一国家。12月17日国会通过决议，正式成立联合这两个地区
的哥伦比亚共和国。1821年 5月，哥伦比亚国在临时首都库库塔召开制宪会议，8月20日，会议通过并颁布了哥伦比亚国家第一部宪法。宪法规定实行中央集权制共和政体，还通过一系列法令，宣布废除奴隶制，解放奴隶及其子女，禁止买卖奴隶；规定公民享有平等权利，有言论、出版自由。会议选举玻利瓦尔为共和国第一任总统，桑坦德尔为副总统。1822年5月，玻利瓦尔派苏克雷将军率军队解放了基多，随后厄瓜多尔宣布加入哥伦比亚共和国。
1823年，玻利瓦尔应秘鲁爱国者的请求，经国会批准，率哥伦比亚军队进入秘鲁同西班牙西班牙殖民军作战。
1824年，哥伦比亚与秘鲁联军打败西班牙殖民军，秘鲁获得了独立。玻利瓦尔率军在秘鲁作战期间，桑坦德尔代行总统职务，主持哥伦比亚政务。桑坦德尔主张建立联邦制的政权，并联合地方势力反对玻利瓦尔团结统一的政治主张。哥伦比亚国会和政府内部的派别斗争日益尖锐。
1826年 4月，以派斯为首的委内瑞拉地方执政者及反对以桑坦德尔为首的新格拉纳达执政者，要求单独成立国家。经玻利瓦尔调解，分裂活动暂时被制止，但内部矛盾和派别斗争依然存在。
1828年5月8日哥伦比亚国民代表会议在奥卡尼亚召开。以玻利瓦尔为首的中央集权派同以桑坦德尔为代表的联邦派在会议上发生尖锐冲突。之后，各地方的分裂倾向愈益明显。
1829年11月，委内瑞拉发表声明，退出大哥伦比亚共和国。
1830年1月，玻利瓦尔在国会辞去总统职务，以期消除分歧，维护国家统一，但无济于事。5月31日，基多地区宣布退出哥伦比亚，成立厄瓜多尔共和国。12月17日，玻利瓦尔逝世，随后，哥伦比亚解体。1831年哥伦比亚及巴拿马地区改名为新格拉纳达共和国。
哥伦比亚共和国
1832～1837年，F.de P.桑坦德尔任共和国第一届总统，实行考迪略独裁统治（见考迪略主义）。其后，保守党与自由党（见哥伦比亚保守党、哥伦比亚自由党）争权夺利，内战频繁，政局长期不稳。1849～1884年自由党执政期间（其中1857～1860年一度由保守党执政），实行了若干改革：废除奴隶制和政府专卖制；取消教士特权,没收教会财产;制定宪法,规定政教分离,宣布信仰、言论和出版自由。1856年哥伦比亚改名为格拉纳达邦联，1863年改称哥伦比亚合众国。
1884年大选时，自由党的分裂为保守党候选人R.努涅斯造成当选总统的机会。保守党政府为巩固大地主专政，恢复天主教会的权力，于1886年制定宪法，宣布天主教为国教，加强了总统的权力，并改国名为哥伦比亚共和国。保守党残酷迫害异己，镇压群众。1899～1902年自由党和保守党之间爆发了所谓“千日战争”，国民经济遭到严重破坏。
20世纪初，哥伦比亚经济有所发展，咖啡和石油产量增加,纺织业和食品业发展起来,交通运输也有所改进。
1903年11月，美国策动巴拿马脱离哥伦比亚独立（见巴拿马独立）。与此同时，美国和英国大量投资于哥伦比亚的石油、铁路以及咖啡、香蕉种植园，大肆掠夺哥伦比亚的财富。
1929年资本主义世界经济危机爆发后,哥伦比亚的咖啡和石油出口减少，人民生活更加困苦。
1930年 7月，哥伦比亚共产党成立。同年，自由党人E.奥拉亚·埃雷拉当选总统（1930～1934在任）。
自由党再度执政后，在人民的压力下实行了一些改革。A.洛佩斯·普马雷霍第一次执政期间，于1936年修改宪法：明确三权分立原则,实行直接选举;废除天主教会对教育的垄断；规定工人有权罢工，有选择职业的自由；政府承认农民占领私人荒地的所有权，规定工人的最高工作日和失业补助。第二次世界大战期间，由于工业品进口减少,咖啡输出增多,哥伦比亚的工农业都有所发展,国家黄金储备增加,工人阶级队伍不断壮大。
1941年12月太平洋战争爆发后，哥伦比亚与日本断交，1943年11月对德宣战。
1946年，保守党人M.奥斯皮纳·佩雷斯在美国支持下当选总统（1946～1950在任）大肆迫害自由党人和劳动人民。
1948年 4月，自由党左翼领袖J.E.盖坦被暗杀，导致人民武装起义。
1949年保守党人L.E.戈麦斯·卡斯特罗当选总统，执行亲美独裁政策。
1950年农民在山区组织游击队，多次击退政府军的围攻。
1953年武装部队司令G.罗哈斯·皮尼利亚发动政变上台，1957年被迫下台。同年自由党和保守党达成协议，组成全国阵线，决定从1958年起16年内两党轮流担任总统，共同组阁。此后，国民经济发展较快。但美国资本大量输入，控制了哥伦比亚的石油、咖啡和香蕉生产，并操纵哥伦比亚的对外贸易。
1974年两党协议期满后，自由党人连续两届当选总统，政局比较稳定。
1974年10月政府宣布取消外国公司的石油租让权。
1975年颁布法令，规定对外国银行、信贷机构等实行 “哥伦比亚化”。
1980年 2月7日，哥伦比亚与中国正式建立外交关系。
1982年保守党人 B.贝坦库尔·夸尔塔斯当选总统，宣布其政府为超政党的国民政府，并批准了赦免游击队的法案，以求通过与反政府武装力量对话来解决国内和平问题。
1984年政府同主要游击组织达成和平停火协定，1985年 1月开始全国对话;但游击队活动仍在继续。
1986年,自由党人V.B.巴尔加斯当选总统。
哥伦比亚现代
哥伦比亚总统乌里韦2002年上台后，采取更强硬的右翼路线。FARC遭该国政府大力围剿。事源哥伦比亚革命武装力量于1983年曾杀死乌里韦的父亲，乌里韦上台后以打击哥伦比亚革命武装力量为首务，拉近了哥伦比亚与美国的距离，美国更大力资助哥伦比亚。从2000年开始，面对政府打击力度加强，哥伦比亚革命武装力量开始逐步战略撤退。左翼浪潮近年在南美洲此起彼落，哥伦比亚是少数目前仍由右翼掌权的国家。
2006年5月28日，哥伦比亚全国计票委员会公布总统选举的选票统计结果，阿尔瓦罗·乌里韦获得63%以上的选票，成功连任。
2010年，乌里韦本希望再度透过修改宪法寻求连任，但遭最高法院驳回，他并没有像查韦斯以公投推动修宪，故决定接受，并推荐执政党总统候选人、前任国防部长胡安·曼努埃尔·桑托斯代表执政党参选。同年，桑托斯作为执政中间偏右民族团结社会党的候选人参与哥伦比亚总统选举，在6月20日举行的总统选举第二轮投票中，桑托斯以高票战胜在野中间派抉择绿党候选人安塔纳斯·莫茨库斯，当选为新一任哥伦比亚总统
