孟加拉族是南亚次大陆古老民族之一。孟加拉地区的最早居民是亚澳人。尔后有使用藏缅语族的蒙古种人从东北部进来，再后又有与达罗毗荼人混血的雅利安人迁入。这几部分人经过长期融合，逐渐形成今天的孟加拉人。孟加拉地区人民早期多信奉佛教、印度教。
印度古代梵语史诗《摩诃婆罗多》梵语文献往世书都曾提名文加或孟加三角洲王。公元前4世纪成为印度孔雀王朝的领土，佛教开始传入孟加拉。公元4世纪，孟加拉成为笈多王朝的领土。
9世纪已有统一的封建国家。12世纪末成为德里苏丹国领土。
13世纪受外来影响改信伊斯兰教，1338年建立了孟加拉苏丹国，定都于达卡。16世纪时，该地区已经发展成次大陆上人口最稠密、经济最发达、文化昌盛的地区。
1576年孟加拉苏丹国被莫卧儿帝国吞并，1757年起遭受英国殖民统治，为英属印度的一个省。
1904年孟加拉地区曾被英国殖民政府分割成东西两部，后来复合。
1947年印巴分治时，孟加拉地区被再次分割：西孟加拉地区归印度（今西孟加拉邦），东孟加拉地区（后改名称东巴基斯坦）则根据最后一任印度总督蒙巴顿提出的蒙巴顿方案归巴基斯坦。但是，地理上的相互隔绝，民族、文化和语言的巨大差异终于使相距约2000千米的东、西巴基斯坦内部矛盾走向不可调和。
1971年3月26日，东巴基斯坦宣布独立，并在4月于印度加尔各答成立孟加拉人民共和国临时政府，随后东巴基斯坦发生大规模动乱和难民潮。印度以战争手段支持孟加拉国独立以牵制巴基斯坦。11月21日，印军在苏联的支持下，大举入侵东巴基斯坦，第三次印巴战争爆发。12月，战争扩大到西巴基斯坦，发展成全面战争。12月7日，联合国大会以压倒多数票通过决议，要求印巴双方停火和撤军。印军仍持续大举进攻，于12月16日攻占达卡，东巴驻军无条件投降。
1972年1月成立孟加拉人民共和国，巴基斯坦总统佐勒菲卡尔·阿里·布托释放了被以“叛国罪”逮捕的东巴人民联盟领袖谢赫·穆吉布·拉赫曼，此人就任孟加拉国首任总统。2013年4月24日，阿卜杜勒·哈米德当选总统。
2015年6月，印度总理莫迪访问孟加拉期间，两国签署了一项历史性的领土互换协议，以解决两国68年来的边界纠纷。印度将把孟加拉国境内总面积为1.7万公顷的111块飞地交给孟加拉国，孟加拉国将把在印度境内的总面积为7000公顷的51块飞地交换给印度。这些土地均位于印孟边境地区。同时，两国还划定了长6.1公里的以前未划定的边界线。
按照两国签署的协议，交换飞地后，在规定时间段内，飞地上愿意迁往祖籍国或国籍国的居民可以作出自由选择。同时，两国将采取措施确保那些愿意留下来的人能享受到作为公民的合法权益。
