三国时，腾冲属盘越国。国名来源于《三国志·魏书》，“盘越国亦名汉越，王在天竺之东南数千里，与益都（益州郡）相近。” 隋唐时，腾冲属藤越国。腾冲一名始于《旧唐书》、《新唐书》，亦作“藤冲”、“藤充”，腾冲属于腾越大地的核心地带。“腾越”，亦作“藤越”，亦首见于唐时。
南诏时有藤越国。按南诏行政区划，藤越国为南诏属国，在永昌节度辖下。现在腾冲县地域内有“汤浪”、“藤弯”、“越礼城”、“越赕”、“申赕”，“腾冲”亦作“藤冲”、“藤充” 等初次出现于樊绰所著的《云南志》一书，均为并列地名。
宋时，大理国设立腾冲府。大理国初期，沿袭南诏建制。至太中国时（高相国专权时期），将永昌节度所辖地域分为两片，在怒江以东设立永昌府，在怒江以西设立腾冲府，由其子孙高泰贤、高泰运分别治理。“藤越国”至此不再存在。
元时，有藤越州、腾越县、腾越府，甚至也曾被蔑称为“软化府”。元宪宗三年，高泰运之后世高救内附于元朝。元朝在腾越大地上分别设立过藤越州、藤越县、腾越府（腾冲府）。元人把腾冲视作军事重地，惧大理国时“腾冲府”一名中“腾冲”二字力度太大，便蔑称之为“软化府”。
明时，腾冲军民指挥使司管辖到西双版纳、老挝。《明史·地理志》：“腾越州，元腾冲府，洪武十五年三月属布政司，寻废（麓川军占据）。永乐元年九月置腾冲守御千户所，……正统十年三月升为腾冲军民指挥使司，嘉靖三年十月置腾越州，……十年十二月罢司（军民指挥使司）为腾冲卫。”辖地包括“三宣”、“六慰”之地，“三宣”即干崖宣抚司、陇川宣抚司、南甸宣抚司；“六慰”即木邦宣慰司、缅甸宣慰司、车里宣慰司、八百大甸宣慰司、老挝宣慰司、孟养宣慰司。
清时设腾越卫、腾越州、腾越厅。清朝初期，置腾越卫；康熙二十六年（公元1687年）改腾越卫为腾越州；嘉庆二十五年（公元1820年）升为直隶厅（设腾越直隶同知，属迤西道）；道光二年（公元1822年）降为厅（腾越厅）。腾越厅领七土司，即南甸、干崖、盏达、陇川、勐卯、户撒、腊撒。
民国以后设腾冲县。
1911年10月27日，张文光、刘辅国等发动腾越起义，打响云南辛亥革命第一枪。
民国元年（1912年）在腾冲设腾冲府。
民国二年（1913年）改设腾冲县。
民国三十一年（1942年），日军侵占腾冲，在滇西设腾越省和腾冲县。
民国三十三年（1944年）9月14日，中国远征军光复腾冲。腾冲是抗日战争以来中国部队收复的第一个有日军驻守的城镇。
1949年12月15日，边纵七支队三十六团进驻腾冲，23日成立腾冲县临时人民解放委员会。
1950年2月21日，成立腾冲县人民政府，属保山专区。
1956年4月，腾冲县随保山专区并入德宏自治州。
1963年8月，腾冲县随保山专区从德宏州内分出。
1971年1月1日，保山专区改为保山地区，腾冲县属保山地区。保山地区改为保山市后，腾冲县属保山市。
2015年8月4日，撤销腾冲县，设立县级腾冲市，腾冲市由云南省直辖，保山市代管。
