1.局部药物治疗 由于多数疣患者在感染后一两年内能自行消退，不少患者，即使采用深度破坏性治疗方法，仍有1/3疣会复发。因此，对疣的各种局部治疗的疗效估价应特别慎重，对一些能造成永久性瘢痕的疗法，不宜使用。常用的有：
(1)细胞毒剂：
①氟尿嘧啶(5-FU)：可用5%5-FU软膏或5-FU注射剂外用，2次/d涂于疣表面，疗效较好。可能出现的副作用有局部疼痛，皲裂、水肿、过敏反应，流泪，色素沉着及化脓等。
②博来霉素(争光霉素)病损部位内注射：有人用0.05%～0.1%博来霉素(争光霉素)生理盐水溶液或2%普鲁卡因溶液作局部病损内注射，治疗单个或数个寻常疣或跖疣，根据疣的大小每次注射0.2～0.5ml，1次/周，通常2～3次后，疣损脱落，副作用少。
③0.1%～0.3%维A酸乙醇溶液：局部外用，1次/d或2次/d，治疗扁平疣和寻常疣，治愈率分别为83%及39%。副作用有局部轻度烧灼感、红肿、脱屑及色素沉着。
(2)其他局部用药：20%碘苷溶液治疗甲周疣；二硝基氯苯治疗难治疣的部位上诱发的接触性皮炎；3%甲醛溶液局部湿敷或浸泡，1次/d，每次15min，连续4～8周治疗跖疣；25%补骨脂酊、30%骨碎补酊外擦治疗扁平疣等均有一定疗效。
2.全身治疗 目前全身治疗方法很多，但疗效皆难以肯定。
(1)抗病毒及免疫调节治疗：采用干扰素α、阿昔洛韦、左旋咪唑等药物治疗，此类药物是有抗病毒、抗增生和免疫调节作用，认为治疗效果较优。尤其对腔道内湿疣或亚临床感染者更为适用。
(2)氧化镁治疗：0.5g/次，3次/d，或乌洛托品0.3～0.5g/次，3次/d，认为对扁平疣效果较优。
(3)中医中药治疗：中医中药治疗疣的报道甚多，较多的有。
①平肝活血方：当归、郁金、赤芍、牛膝、鸡血藤各9g，红花6g，灵磁石30g，山甲3g，龙骨24g，牡蛎24g。1剂/d，连用7～8天。
②治疣汤：桃仁、红花、熟地、归尾、赤芍、白芍各9g，川芎、白术、山甲、甘草、首乌各6g，大叶青、夏枯草各15g。1剂/d，6～8天为一疗程。
③大叶青注射液：2～4ml，肌内注射，1次/d，10次为一疗程。
④柴胡注射液：2ml肌内注射，1次/d，20天为一疗程。
3.物理治疗 冷冻疗法、电灼疗法以及激光治疗已常用于治疗各种数目少的疣。治疗效果优，对孕妇患者也相对安全。
4.外科手术切除 可用于寻常疣及尖锐湿疣，但手术后常易复发。
5.妊娠期尖锐湿疣的治疗 妊娠妇女因体内激素水平的变化，免疫功能低下，胎儿重力压迫，致外阴充血，分泌物增多，潮湿，更适宜于HPV繁殖，故妊娠期尖锐湿疣应及早治疗，多以局部物理治疗或三氯醋酸外涂，避免使用细胞毒性药物，对有较大的尖锐湿疣患者应规劝其终止妊娠，避免胎儿经产道感染，分娩应采取剖宫产术。
