秦地属象郡，未有建置。汉元鼎六年（公元前111年），地属益州刺史南部牂牁郡句町县地（治今云南省广南县）。尚无建置。
三国蜀建兴三年（225年），地属益州南部兴古郡，郡治在宛温（今云南省砚山县维摩镇）。尚无建置。西晋咸宁元年（275年），地属宁州兴古郡，郡治在律高（今云南省弥勒县竹圆镇）。尚无建置。
南北朝地属南朝宁州西平郡（治今广西西林县西平乡）。尚无建置。
隋开皇元年（581年），地属南宁州总管府辖（府治在今云南省曲靖）。尚无建置。
唐开元二十二年（734年），分岭南为东道和西道，岭南西道包括今广西境及云南省东南部。
此时县地属岭南西道的羁縻地。尚无建置。
五代十国地属南汉邕州（今南宁）的羁縻地。尚无建置。
宋皇祜五年（1053年），始建置，称镇安峒（治今城厢镇北侧感驮岩），属邕州。政和元年（年），在镇安峒建右江军民宣抚司。政和四年（1114年），镇安峒改为镇安羁縻州，属邕州。
元至元二十九年（1292年），镇安土州改为镇安路。领安德、归顺、上映3个土州和下雷土峒，辖及今那坡、靖西、德保、天等、大新等县地。
明洪武二年（1369年），明王朝以镇安路住地僻远，废路，迁至废冻州（治今德保县），改立镇安府。今那坡称为小镇安。永乐年间（1403～1424年），镇安土府岑天保，奏请以次子岑志英分管小镇安地，授职土知州。属思恩府（府治今武鸣县）遥领。清乾隆八年（1743年），镇安土州改为土巡检司，属镇安府。乾隆三十一年（1766年），改流官，置通判，称小镇安厅。光绪十二年（1886年），小镇安厅改称为镇边县，隶属归顺直隶州（治今靖西县）。
中华民国元年（1912年），仍称镇边县，直隶于省。2年（1913年），八月，隶属镇南道（道治今龙州县）。16年（1927年），废道，改称镇南区。19年（1930年），属靖西民团区管辖。21年（1932年），属龙州民团区管辖。22年（1933年），属天保民团区管辖（区治天保县）23年（1934年），改属天保行政监督区。29年（1940年），改属第十一区（区治靖西县）行政督察专员兼保安司令公署。31年（1942年），改属广西第六区行政督察专员兼保安司令公署。
1949年12月至1951年6月，镇边县属龙州专区管辖。
1951年7月，镇边县属百色专区管辖。
1953年4月23日，经政务院批准，镇边县更名睦边县。10月3日广西省人民政府以（53）省民字第97号文批复同意。自10月27日起将镇边县改为睦边县。属桂西壮族自治区百色专区。
1956年3月2日，睦边县改属桂西壮族自治州百色地区。
1958年1月25日，睦边县改属百色专区。
1965年1月20日，因毛泽东一句话“还是‘那坡’好！”而改名为那坡县。这是全国所有2800多个县中唯一由毛主席亲自拟定县名的县。
1971年，那坡县改属百色地区。2002年6月2日开始属百色市至今未变。
