中国南方的氏族如“大埔头”的邓氏、“泰亨”的文氏、“林村乡”的锺氏等自宋朝开始迁到大埔定居。清朝康熙元年（1662年）实行迁界，使大埔区顿成荒域。康熙八年（1669年）批准复界，为恢复经济，朝廷鼓励外地人士入迁垦荒，其中以由江西、福建、惠州、潮州、嘉应（现梅州）等地迁入的客家人最多，建立围屋聚族而居。
明朝万历年间，龙跃头邓氏分支至大埔林村河以北一带，在今日天后庙后的汀角路建立“孝子邓师孟祠”纪念孝子邓师孟，于康熙十一年 （1672年）向新安知县申请建墟，在已圮毁的“孝子邓师孟祠”原址建立“大步墟”。泰亨村文氏于1892年联合附近七个非邓氏的村落，组成“大埔七约”（泰亨约、林村约、翕和约、集和约、樟树滩约、汀角约、粉岭约），于“大步墟”隔河另设“太和市”，在光绪二十二年（1896年）修建“广福桥”联结太和市和林村河北岸的“大步墟”。英国租借新界以后，在1913年于“太和市”兴建大埔墟火车站，“太和市”逐渐取代“大埔墟”的地位，所以“太和市”后来被称为“大埔墟”，而原来的“大埔墟”（“大步墟”）则改称为“大埔旧墟”。
光绪二十四年（1898年），清廷与英国签订《展拓香港界址专条》，翌年4月，英国军舰驶入大埔海登陆，举行接管新界的升旗仪式，由于大埔为新界的中心地区，英国人以此作为新界的行政中心，设立理民府、警察总部及乡议局。位于大埔区的北约理民府管理的地域包括了今日的大埔区、北区、元朗区、屯门区及沙田区，但不包括九龙水塘以西的地域及西贡北（当时属南约）。
1948年，元朗区从北约分裂出来；到后来1970年代，沙田区在政府发展沙田新市镇之时自立成为单独一区；最后是北区于1980年独立成区。
根据香港行政区划，大埔区也包括西贡北，以及靠近惠州的东平洲。
大埔： 大埔滘、大埔墟、太和、林村、汀角、大尾笃、船湾
西贡北：北潭坳、黄石码头、海下湾、十四乡、泥涌
