石器时期,境内海安青墩地区就有原始氏族部落繁衍生息。
五代设郡,称静海。
后周显德五年(958年)筑城,定名通州。
宋天圣元年(1023年)改称崇州,又名崇川。
自此以后至清军入关(1644年),除一度属淮南东路外,崇川基本属扬州(扬州路、扬州府)管辖。
康熙十一年(1672年),海门废县为乡,并入通州。雍正二年(1724年),通州升为直隶州,隶属于江苏布政使司,领泰兴、如皋两县。乾隆二十六年(1761年),改属江宁布政使司。乾隆三十三年(1768年),割通州19沙、崇明11沙及新涨的天南等41沙设海门直隶厅。
辛亥革命后,废州设县,称南通县,被称为“中国近代第一城”。
1949年2月南通全境解放后,划城区、狼山、天生港一带建南通市,先后为苏北行署、南通地区专署所辖。
1962年改为省辖市。
1983年南通地区与南通市合并,实行市管县体制。
1991年区划调整后,将原来的城区更名为崇川区。
2000年,崇川区辖7个街道、2个镇、3个乡。
2001年经省政府批准,将南通市通州区的观音山镇、小海镇、竹行镇、通州区良种场划归崇川区管辖;将通州区行政区域范围内的南通农场(隶属省农垦集团公司)、东方红农场(隶属省军区)划入南通市崇川区行政区域。其中:小海镇、竹行镇、良种场、种畜场整建制划进市区并委托富民港办事处管辖,南通农场(省属)和东方红农场(省属)划入富民港办事处行政区划范围内。