1929年设甘肃省畜牧公司。
1949年划归青海省门源县辖,解放后,设皇城乡人民政府,仍属青海省辖。
1959年甘青边界调整时划归肃南县管辖,大河、康乐、马蹄、八字墩、友爱等地的部分裕固族牧民搬迁至此,分别成立了皇城人民公社(肃南县辖)和皇城农牧场(归张掖专区)。
1962年人民公社改制皇城区(皇城农牧场撤销)。
1967年易名为红卫区。
1970年恢复原称。
1971年10月划归永昌县辖。
1972年复归肃南县,皇城区公署下辖马营、北滩、东滩、泱翔、铧尖五乡。2004年12月,随着全县行政区划的调整,皇城撤区并乡后,成立了皇城镇。
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