唐代，仓山地区隶属于闽县及侯官县，宋代至明代中期分属于闽县和怀安县。明万历八年(1580)怀安县并入侯官县。从此仓山地区分属闽县和侯官县，大致以龙峰山和望北台为界，以东属闽县，以西属侯官县。
民国2年(1913)闽县与侯官县合并成立闽侯县，仓山地区属于闽侯县。
民国6年福州省会警察厅成立，行政上属闽侯县和省会警察厅第五署双重管辖。
民国34年10月福州市国民政府成立，同时成立所属的仓山区公所，从此仓山区隶属于福州市。
1950年5月水上区建置，隶属福州市。
1946年1月福州建市时即置仓山区，1949年8月17日解放后，仍为市辖区之一。
1955年11月，设上渡、下渡、临江、仓前、麦园、藤山6个街道办事处。
1956年5月，撤销水上区，并入仓山区，增设桥东、桥西两个街道办事处。
1957年7月，桥东、桥西两个街道办事处合并为水上街道办事处。
1958年1月，撤销藤山街道办事处，并入下渡街道办事处；撤销麦园街道办事处，并入仓前街道办事处。
1968年9月，仓山区更名为朝阳区。
1970年2月，郊区行政办事处撤销，其所辖盖山公社并入朝阳公社，划归朝阳区。7月，闽侯县城门公社划归朝阳区。
1975年5月，朝阳、城门公社划归郊区行政办事处。
1978年7月，朝阳区复名仓山区。
1987年12月，撤销水上街道办事处，增设对湖街道办事处。
1995年10月27日国务院（国函[1995]102号）批复同意调整福州市市辖区的行政区域，其中：仓山区辖仓前、对湖、临江、上渡、下渡、三叉街6个街道办事处，从原郊区划入的建新、仓山、盖山、螺洲、城门5个镇。区政府驻地不变。
1996年1月市区行政区划调整后，仓山区从原郊区划入建新、仓山、盖山、螺洲、城门5个镇，从鼓西街道划入农大居委会。辖7街道5镇。面积142平方千米，人口32.6万，区政府驻麦园路。
2000年，仓山区辖7个街道、5个镇：仓前街道、下渡街道、临江街道、三叉街街道、上渡街道、对湖街道、东升街道、建新镇、仓山镇、盖山镇、城门镇、螺洲镇。
2003年，从建新镇划出卢滨、后曹、潘边、石边、新颐、上雁、葛屿、闽江、刘宅9个村，从仓山镇划出燎原村，从上渡街道办事处划出横江居委会，设立金山街道。金山街道办事处四至范围为：东至闽江北港，西至闽江南港，南至浦上路，北至金山大道。金山街道办事处驻金山生活区风荷苑1号。行政区划调整后，仓山区辖8个街道、5个镇，99个居委会、107个行政村。面积约13.09平方千米 人口约5万人（2004年）。
