1961年6月1日,以沧县城关公社为基础建立沧州市。该区南部由南大街公社管辖,北部由新华路公社管辖。
1980年3月6日,沧州市设立新华、运河、郊区三区,因境内由著名的运河蜿延而过,故名“运河区”。
1980年5月7日,运河区筹备组成立,党群部门在南大街公社原址办公,政府及后来的人大部门在市招待处南院办公,旋即组建六个街道办事处。
1981年,规范地名,办事处名称定为:西环中街街道办事处、南环中路街道办事处、水月寺街街道办事处、市场街道办事处、公署街道办事处和南湖街道办事处。
1985年10月,区政府办公楼于顺河小学南侧建成启用,1989年1月迁至水月寺街225号。
1997年11月7日,撤销沧州市郊区,南陈屯乡(不含王希鲁村)和小王庄镇(不含三里、北赵家坟村)两个乡镇,83个村并入运河区。
2000年,调整区划,运河区辖水月寺、市场、公园、南湖、西环、南环共6个街道及小王庄镇、南陈屯乡。
2002年3月20日,对社区管理体制进行改革,将原53个居(家)委会,撤并为39个社区居委会,原城区18个非农业村成立小区管委会同时并入相应的社区居委会。
区政府2008年因沧州城市建设进行拆迁,办公地址更改为光荣路26号。