秦始皇二十六年(公元前221年),秦完成统一,在全国建立郡县制度。蕲地设县名蕲县,属泗水郡。
汉高帝四年(公元前203年),泗水郡改为沛郡,郡治相城,蕲县隶属沛郡。
汉宣帝地节元年(公元前69年),沛郡改为彭城郡,蕲县隶属彭城郡。
汉宣帝黄龙元年(公元前49年),彭城郡复改为沛郡;蕲县隶属沛郡。
王莽建新朝(公元9年),在蕲县设蕲城郡。
汉献帝建安二十四年(公元219年),沛国分置谯郡,蕲县废郡隶属谯郡。
三国魏,蕲县属谯郡。三国后期蕲县属魏国汝阴郡。
西晋初年,蕲县属谯郡。
南朝宋,在蕲县设置谯郡;南朝齐时在蕲县设北谯郡;南朝梁时在蕲县设置蕲城郡。北魏蕲县为南兖州。北朝齐后期在蕲县设置仁州,并析置龙亢郡。
南朝宋文帝元嘉二十年(443年),谯郡辖蕲县。
武帝永明九年(491年),改蕲县为蕲城郡。
北齐文宣帝天保二年(551年),复置蕲城郡。
隋文帝开皇九年(589年),蕲城郡废。隋炀帝大业初,仁州废复为蕲县,隶属彭城郡。
唐太宗贞观年间蕲县隶属徐州。
唐高宗显庆元年(656年),将毂阳(今固镇南)并入蕲县。
唐宪宗元和四年(809年),置宿州,蕲县隶属之。
文宗太和三年(829年),宿州废。
七年(833年)于蛹桥复置宿州。宋太祖建隆元年(960年),宿州建为保靖军节度使,属淮南路。蕲县属淮南路。
神宗熙宁五年(1072年),蕲县属淮南东路。
元世祖至元二年(1265年),废蕲县,并入宿州,隶属归德府(今商丘)。
明太祖洪武元年(1368年),宿州先后改属临濠府、中立府、凤阳府。
清顺治二年(1645年),置江南省,宿州改属江南承宣布政使司,蕲乡隶属宿州。
中华民国元年(1912年),宿州改为宿县。蕲县为宿县16个辖区之一。
民国二十四年(1935年),宿县湖沟设第六区署,蕲县集属宿县第六区署。
抗日战争时期,国、共、日伪多种政权并存,归属错综复杂。共产党领导的抗日民主政权所辖蕲县地区先后归宿蒙、宿灵、宿怀县领导;
民国三十二年(1943年)3月,蕲县属宿南区抗日民主政府管辖;日伪政权蕲县归属湖沟。
民国三十四年(1945年)8月至民国三十七年(1948年)11月,蕲县属国民政府宿县湖沟区。
民国三十七年(1948年)11月至民国三十八年(1949年)2月,蕲县属宿怀县宿南区,区洽蕲县集。
民国三十八年(1949年)2月,怀远县与宿怀县合并,1945年划归宿怀县的蕲县区归属宿县。
1958年9月,蕲县人民公社成立,公社管委会治所设在蕲县集。
1961年10月,重建蕲县区,驻地蕲县集。
1969年2月,区划调整,新的蕲县人民公社建立,驻地蕲县集。
1992年3月,宿县并人宿州市(地辖市),蕲县镇隶属宿州市。撤区并乡建蕲县镇,驻地蕲县集。
1999年11月,行政区划调整,蕲县镇隶属宿州市埔桥区。