公元318年以前泽普为西域莎车国的一个大庄，地处泽勒普善河（今叶尔羌河）南岸。张骞出使西域后，汉朝军队曾在这里屯田。汉元康元年（前65年），莎车王杀12使背汉，卫侯冯奉世发诸国兵戮之，更立新王。汉宣帝神爵二年（前60年），汉设西域都护，泽普随莎车受其管辖。东汉永平四年（61年）于田并莎车国，泽普归于田国。东汉永平十六年（73年），汉军司马班超定于田，泽普复归汉。东汉建初五年（80年）莎车降于龟兹，泽普随附。东汉元和二年（85年），班超发诸国兵击莎车，使之重新归顺中央政权。汉末至北魏，莎车并于疏勒。泽普为渠河国辖地。隋唐时期是斫句迦国的一部分。唐朝曾在莎车设立行政机构。唐开元五年（840年）以后，回鹘进入本地。9世纪上半期建立喀喇汗王朝，泽普受其管辖。大辽四年（1124年），又附属于西辽王朝。南宋嘉定十一年（1218年），成吉思汗征服天山南北，泽普成为蒙古属地。南宋宝庆元年 （1225年）泽普为察合台领地。元大德八年（1304年），统治本境。明正德九年（1514年），县境属赛亦德成立的叶尔羌汗国管辖，为王室成员封地。清康熙十七年（1678年），附属于准噶尔部国。清乾隆二十四年 （1759年），清朝廷平定大小和卓后，在泽普建军台，设坡斯坎驿，置六品喀孜伯克署事，辖于叶尔羌办事大臣。清光绪九年 （1883年），划给泽普县管辖。清光绪二十八年（1902年），莎车直隶州升为府，泽普直属府治。清光绪二十九年（1903年），上下坡斯坎重划归泽普县统属，设稽查员置理左务。
民国九年（1920年），波斯坎随泽普县划归和阗道，次年又划归喀什噶尔道。
民国十年（1921年）九月四日，新疆省长杨增新呈报北京中央政府增设泽普县，经财政、内务两部核准，于1月10日正式建县，归辖于喀什噶尔道（后改为喀什行政区）。
民国31年（1942年），增设莎车行政区（次年改为莎车专区），泽普县改隶莎车行政区。
1949年新疆和平解放后，泽普县属莎车专区。
1956年6月莎车专区撤销，泽普县划归喀什地区至今。
泽普县辖区10个乡、2个镇、4个农林场，即：波斯喀木乡、依玛乡、古鲁巴格乡、赛力乡、依肯苏乡、图乎其乡、奎依巴格乡、阿克塔木乡、阿依库勒乡、布依鲁克乡、泽普镇、奎依巴格镇、农场、园艺场、良种场、 亚斯墩林场。境内驻有中央直属石油企业、边防部队和兵团企业。
