早年的印度文明支配着马来西亚。从印度输入的印度教和佛教文化，主导了早期马来西亚的历史。
公元初马来半岛建立了羯荼、狼牙修、古柔佛等古国。
15世纪初以马六甲为中心的满刺加王国统一。从7世纪到14世纪，在苏门答腊的三佛齐文明达到高峰，其影响力延伸至苏门答腊、爪哇、马来半岛和婆罗洲的大部分地区。
伊斯兰教早在10世纪传至马来西亚，但直到14世纪和15世纪，三佛齐覆灭后不久，伊斯兰教才在马来半岛奠定根基。这个地区分裂成众多以伊斯兰教为主的苏丹国，其中最突出的是马六甲苏丹王朝。伊斯兰文化对于马来人产生了深远影响，但是同时它也受到马来民族的影响。
马来西亚柔佛苏丹王朝
马六甲苏丹王朝最后一位苏丹的儿子逃到马来半岛南端的民丹岛，并在那里建立了一个新的国家，柔佛苏丹王朝。马六甲的统治消失后，马来群岛分裂为众多互相争战不停的小国家，其中最重要的有亚齐、文莱、柔佛和霹雳。其它国家有万丹、日惹、吉打、雪兰莪、苏禄和登嘉楼等。
16世纪末，欧洲商人在马来亚北部发现了锡矿，透过锡的出口，霹雳变得富强起来。欧洲殖民势力继续在这个区域扩张。葡萄牙控制了对盛产香料的摩鹿加群岛的贸易。1571年西班牙占领马尼拉。
1607年，亚齐苏丹国兴起，成为马来群岛最强盛富裕的国家。在伊斯干达．穆达(Iskandar Muda)统治下，这个苏丹国控制的范围延伸到苏门达腊与马来半岛的大部分地区。他征服马来半岛的锡矿产地彭亨，并将彭亨苏丹掳往亚齐。他所向披靡的舰队在1629年攻打马六甲的战役中瓦解，依据葡萄牙史书记载，当时葡萄牙与柔佛的联军设法摧毁他的所有船舰，杀掉19,000名战士。然而，亚齐的军力并未被摧毁，因为在同一年亚齐征服了吉打并把许多吉打人民迁到亚齐。这位苏丹的外甥Iskandar Thani是彭亨的王子，后来成为他的继承人。在Iskandar Thani统治期间，亚齐专注于巩固内部及宗教上的统一。
这段期间，马来亚各苏丹国的虚弱，为从其它地区人民移入这些马来故土创造了条件。从印度尼西亚东部来的布吉人海盗经常袭击马来亚海岸地区。1699年他们刺杀了柔佛最后一位马六甲血统的苏丹，控制了柔佛，其他布吉人控制了雪兰莪。从苏门达腊来的米南加保人也迁入马来亚，最终建立了自己的国家森美兰。柔佛的覆灭在马来半岛上留下了一个权力真空。暹罗的大城王国部分填补了这个空缺，将北部的五个马来国家——吉打、吉兰丹、北大年、玻璃市和登嘉楼——变成自己的属国。柔佛覆灭也让霹雳成为马来亚苏丹国之中的领导者。
18世纪马来亚对欧洲的经济重要性快速成长。尤其英国与中国之间的茶贸易，增加了对马来亚的高质量的锡的需求，锡用在茶叶箱的内衬，具防潮作用。马来亚的胡椒在欧洲也享有盛誉，而且在吉兰丹和彭亨有金矿。锡矿和金矿及其附属工业的发展，导致了第一批外来移民涌入马来人的世界，一开始是阿拉伯人和印度人，后来则是华人。华人定居在城镇并很快掌控了经济活动。这建立了往后200年的马来亚。
马来西亚近现代
1942年至1945年日本占领这个地区，马来亚被日本占领。虽然日本占领的时期相当短，但是它激起了马来亚和其它地区的反殖民民族主义。马来人民族主义又激起了华人的反对。华人惧怕马来人和伊斯兰教的支配地位，许多华人因此参加马来亚共产党。在英国军方的强烈镇压，以及马来人和华人政治领袖的协商退让下，共产党暴动被扑灭，1957年多民族的马来亚联合邦宣告独立。
1963年8月31日，英属的新加坡和北婆罗洲（沙巴）宣告独立，1963年7月22日，砂拉越宣告独立，并与马来亚联邦以同等伙伴身份（即国家身份）于9月16日组成马来西亚联邦。随着以华人为主导的新加坡的加盟，整个马来西亚华人人口数量也持续增长，当时华族约占马来西亚人口的42%，和马来族人口的比率不相上下。后来“马来人至上”的观念越来越强烈，他们认为马来族是马来西亚或马来亚的主人或特权者，华人和印度裔被认为是承蒙马来族的恩惠。马来族精英也开始惧怕以华人占多数的新加坡会削弱他们占多数的人口比例，并主宰马来西亚的政治及经济环境。
1965年8月8日，以巫统为首的国阵执政联盟利用其国会优势通过决议，将新加坡驱逐出马来西亚。8月9日，新加坡宣布退出马来西亚独立建国。
政府的目标是“2020宏愿”，让马来西亚在2020年成为先进国家。然而，这留下了未解的问题，究竟马来西亚会在何时且如何充分实现第一世界的政治体系（多党民主制、自由的媒体、独立的司法审判，并恢复公民与政治自由），以齐头赶上它的经济成熟。
