商周时期为肃慎居地,汉晋时期易称挹娄,南北朝时期为勿吉,唐初
为黑水都督府所辖,元代为辽阳行省水达达路胡尔哈万户府管辖。明初,划归辽东都指挥使司。清初,属诺罗路窝集部,为盛京将军和宁古塔昂邦章京及其所属副都统管辖。
19世纪以来,沙俄的侵略,迫使清廷放弃封禁政策,提倡兴垦戌边,注意边疆设治。
光绪三十二年(1906年)设临江州(今同江市),宝清隶于其下。
宣统元年(1909年)临江州改为府治,宝清亦为其辖。
民国元年(1912年)宝清设分防经历。
民国三年(1914年)改为分治员,隶属临江县,发放街基,始立市井。
民国五年(1916年)宝清正式建县,隶属吉林省依兰道。
民国十八年(1929年)废道制,归吉林省直辖。
1933年1月9日,宝清沦陷,同年2月,伪宝清县公署成立。
1934年10月,宝清县划归为三江省,1939年6月又划归伪东安省,1943年10月归东满总省管辖。
1945年“八·一五”光复后,宝清一度被日伪残余势力所控制。
1946年7月2日,宝清解放,成立县民主政府,归合江省东安地区行署管辖。
1947年10月,划归牡丹江省,1948年又划归合江省所属。
1949年,合江省制撤销,宝清县划归松江省。
1954年8月,黑龙江、松江两省合并,宝清县划归黑龙江省合江地区行政专员公署管辖。
1985年1月,合江地区专员公署撤销,宝清县直属于佳木斯市。
1991年,归双鸭山市管辖。