合理药物设计是利用对疾病或其抑制剂的知识设计效果更显著、安全性更好的特异药物。合理药物设计假定药物分子通过与一特定的生物大分子结合而起作用,当采取活性构象时小分子在几何结构和化学结构方面与生物大分子互补。小分子与生物大分子结合后,一般通过两种方式起作用,一是改变大分子对其内源性配体的敏感性,从而可以对信号通路进行调节。二是与酶的活性位点结合,改变其催化活性。在靶标生物大分子结构未知的情况下,可以利用小分子结构与活性的关系设计新的化合物。如果已知靶标生物大分子的三维结构,则可以设计与其结构匹配的小分子化合物。
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