虽然从古代起就有人类移居到摩加迪沙，
但因此地的气候非常不适合耕作，故长期以来皆是以畜牧业为主要产业，至中世纪时仍主要经营畜产品。
摩加迪沙中世纪
虽然实际上的起源不明，但早在九世纪时，摩加迪沙附近的地区就已经是索马利亚内陆地区与外界联络的要道。来自波斯或阿拉伯半岛的伊斯兰教（回教）教徒在约十世纪时来到附近地区开始殖民，由于他们相对上的经济优势，再加上长年与当地人的通婚，建立了一个稳定的混血文明，经常被通称为东非城邦文明。其主要组成人口，是因所使用的斯瓦希里语（Swahili）而被称为斯瓦希里人的亚非混血族群。在这一系列的城邦之中，摩加迪沙与周遭的几个城市位于地理上最北端。关于“摩加迪沙”这名称的由来有两种主要的说法，其中一种认为它是索马里版本的阿拉伯语“Maqadshah”，意指“（波斯）国王的帝国设座”（ImperialseatoftheShah），暗示了波斯人可能与城市的奠基有所关联。另一种说法认为它可能是斯瓦希里语“mwyuwa”（最北之城）的错误发音版本，暗示了摩加迪沙是非洲东岸一系列斯瓦希里城邦里面，最北的一个。当著名的阿拉伯旅行家伊本·拔图塔（IbnBatuta）在1331年时来到非洲东岸时，他口中的“Maqdashu”已经是一个发展得非常庞大的贸易城市，所生产的布料等物资，甚至外销输送至包括埃及在内的其他地区。一直到今日，由第一任摩加迪沙苏丹在1269年时所兴建的法赫鲁·丁清真寺（MosqueofFakhrad-Din），仍然矗立在摩加迪沙的市区内。
考古学家曾在摩加迪沙一带挖掘出非常多来自古代中国、锡兰与安南的钱币，证明了摩加迪休的贸易对象曾遍及至这些地区。其中，来自中国的钱币大都属于宋代的产物，虽然也有部份属于明代与清代的物件。这个被古代中国称为“僧祗国”（Zenj）的斯瓦希里贸易城邦大量进口了来自阿拉伯的陶器，中国的瓷器，与印度的布料，除此之外这里还同时生产矿物资源，并输出木头、象牙、贝壳、奴隶与铁矿至其他地区。
直到十三世纪以后，另一个位于东非近海离岛基尔瓦·基西瓦尼（KilwaKisiwani）上的海港，才因为作为大辛巴威地区盛产的黄金之主要吞吐港，而急速发展并遮蔽了摩加迪沙、拉穆（Lamu）、桑给巴尔（Zanzibar）与其他北方港市的光芒。
摩加迪沙欧洲人的入侵
在欧洲人的航海发现时代，葡萄牙人宰制了整个非洲东岸，而摩加迪沙也当然无法免除葡人在十六世纪时入侵的命运。桑给巴尔苏丹在1871年时占领摩加迪沙，并在十九世纪末时修筑了加雷萨宫（Garesa Palace）作为当地的行政中心。今天这座皇宫仍然存在，并被作为博物馆与图书馆使用。桑给巴尔苏丹在1892年时将摩加迪沙城出租给意大利，并在1905年时正式出售卖断，而意方则将意大利文中称为“Mogadiscio”的该城设为意大利在东非的殖民地、意属索马里兰的首府。而摩加迪沙周遭的其他地区，则是在1936年时完全落入意大利的控制之下。
第二次世界大战期间，属于轴心国成员意大利的殖民地之意属索马利兰，自然也是同盟国的攻击目标之一。
摩加迪沙摩加迪沙暴雨
英国自肯尼亚（当时是英国殖民地）方面对意属索马利兰发动攻击，并在1941年2月26日成功拿下摩加迪沙，并一直统治着该地，直到1952年时，才将索马里兰归还给意大利，恢复意大利所属之保护国的地位。
1954年时，索马里国立大学在摩加迪沙创校，是该国第一次拥有了高等教育的设置。在1960年时索马里脱离意大利与英国两国的控制，正式独立，摩加迪沙也成为索的正式首都。
摩加迪沙内战、联合国与美军
1969年10月21日，一场无预期的军事政变，将索马里的军事将领穆罕默德·西亚德·巴雷（MohamedSiadBarre）推上索的总统位置，开始了他长达数十年的社会主义路线独裁政治。但在1990年时，叛军攻入摩加迪沙占领了首都，逼得巴雷不得不宣布退位，并在1991年1月时出走尼日利亚的拉哥斯。但合组叛军逼走原独裁者的几支势力，却在之后因意见歧异而反目，其中，曾在1960至1970年代间因为计划发动政变失败而入狱的穆罕默德·法拉德·艾迪德（Mohammed Farah Aidid），获得主力派系索马里联合国会（United Somali Congress , USC）的支持，但一些原本遭放逐避走意大利的USC成员，却先下手为强宣布穆罕默德·阿里·马赫迪（Mohammed Ali Mahdi）是新任总统。
1991年6月，艾迪德被选为USC的主席，但马赫迪
拒绝放弃总统头衔，再加上索马里境内还有许多势力也有意染指巴雷下台后真空的地盘，因此爆发了一场以帮派组织般的小型民兵单位为主体的军阀内战。联合国最初介入索马里事务，原本只是为了解决在索南部严重的饥荒问题，但很快的这项行动开始变质成具有政治目的的军事行动，也就是美方代号“邪灵蛇行动”（Operation Gothic Serpent）的军事任务。以国际角度来说，索马里境内的战争已经变质成一种盗匪帮派之间互相争夺地盘、处于无政府状态的混乱，为了解决这情况，联合国希望能透过解除各派系的武装，在索马里境内扶植一个西方式的中央政府。但，对于索马里当地的各个武装派系来说，他们并不想接受这种西方文明主导的政治方式，也不愿意放弃武装与自我防卫的力量，因此，除了敌对的派系势力之外，外人的入侵也成为他们对抗的目标。
1993年6月5日，联合国部队尝试将民兵匪首艾迪德所拥有的无线电广播电台关闭，以制止其进一步散播反联合国的言论，之后艾迪德的民兵们则进行反击，在冲突中射杀了24名巴基斯坦籍的联合国部队士兵。为了惩罚这件事与9月时民兵对在市区内巡逻的美军与联合国部队开火之举动，美国陆军在10月3日发动“代码艾琳行动”（Operation CodeIrene），出动精锐的游骑兵部队与三角洲特种部队，配合UH-60黑鹰直升机及多种战情支援装备，突袭摩加迪沙市中心的民兵据点。在这次的行动中，美军成功地逮捕到艾迪德的两位高阶幕僚，而在任务过程中因为对民兵威胁
的低估，两架美军UH-60黑鹰直升机在混战中遭到火箭助推榴弹发射器（RPG）击中尾翼导致失控坠毁，百余名驰援与执行任务的地面部队深陷敌阵中无法脱离。在这场被媒体称为“摩加迪沙之战”的激战中，共有18名美军与1名马来西亚战车驾驶员身亡，数十人受伤，但相对的，索马里方面估计约有500至1000名民兵死亡，3000至4000个普通民众受到波及（由于欠缺准确的情报管道，各方估计的数字落差非常大）。摩加迪沙战役是越战结束数十年后，第一次发生的近距离肉搏战，美国作家马克·包登（Mark Bowden）事后收录了自己几篇关于此事件的专题连载，在1999年3月出版了《黑鹰坠落：一个现代战争的故事》（Black Hawk Down : A Story of Modern War）一书，这本书之后又由英国导演雷利·史考特（Sir Ridley Scott）改拍成纪录性电影《黑鹰坠落》（Black Hawk Down）而使冲突事件与摩加迪沙这城市广为人知。 由于摩加迪沙战役中的严重损失，白宫方面决定在1994年3月31日以前，全面自索马里撤军。这件事是当时的美国总统克林顿任内最严重的军事与外交挫败，也使得美国对第三世界国家的冲突事务之参与态度，由积极转为保守。
摩加迪沙今日的摩加迪沙
虽然曾经在1994年1月16日时达成停战协议，但索马里境内的两个主要交战体系，仍然在1995年3月所有的联合国维和部队撤出该国后，重新爆发冲突。民兵匪首艾迪德曾在1995年中时宣布自己就任总统，但却在1996年7月时，因为在巷战中受到的枪伤而被击毙。
一直到今日，摩加迪沙市区内仍然处于军阀派系瓜分、时有枪火交战的情况，正因为这混乱的局势，2004年10月10日索马利亚临时国会是在隔邻的肯尼亚首都内罗毕进行选举，选出邦特兰共和国（Republic of Puntland，另一个从索马利亚宣布分离独立的政治体）总统阿布都拉·尤素夫·阿罕默德（Abdullahi Yusuf Ahmed）担任国家元首。然而，由于首都的安全考量，新成立的索政府并没有真的返回摩加迪休市内执行一个中央政府该有的业务与功能。
主要的帮派交战区域都集中于摩加迪沙的北部，相对之下，较少发生冲突的市区南部，则显得较为富足安全。
