南通县(今通州区)管辖的陈桥乡、幸福乡和秦灶乡,原城区管辖的唐闸镇、天生港镇划归郊区管理,将郊区所辖的任港乡、钟秀乡、八厂乡、狼山乡划归城区管辖,经国务院批准,将郊区更名为港闸区。
1993年设立港闸经济开发区,1996年秦灶乡撤乡建镇,2001年芦泾乡并入闸西乡,港闸区辖四乡(幸福乡、陈桥乡、闸西乡、闸东乡)三镇(唐闸镇、天生港镇、秦灶镇)一个街道办事处(永兴街道办事处)和一个省级经济开发区(港闸经济开发区)。2003年,港闸区辖1个街道、3个镇、4个乡。2005年撤销天生港镇和闸西乡,以原两乡镇所辖区域设立天生港镇街道办事处,撤销唐闸镇和闸东乡,以原两乡镇所辖区域设立唐闸镇街道办事处,撤销秦灶镇设立秦灶街道办事处,2009年撤销幸福乡、陈桥乡,分别以原辖区域设立幸福街道办事处和陈桥街道办事处。
2012年5月31日,经南通市委、市政府批准成立南通市市北新城党工委、管委会。
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