（一）诉讼档案与侦查档案
在刑事诉讼活动中，公安机关的侦查文书和起诉意见书，通过检察机关依法进入法院诉讼活动并在诉讼活动结束后，转化为诉讼档案的一部分，法院称其为“侦查卷”或“公安卷”。未进入诉讼活动的侦查文书，不能转化为诉讼档案，也不能称作诉讼档案。
（二）诉讼档案与检察档案
检察机关的检察文书，主要指起诉书、抗诉书、证据材料等，依法进入法院诉讼活动，并在诉讼活动结束后，转化为诉讼档案的一部分，法院称其为“检察卷”“起诉卷”或“抗诉卷”。未进入法院诉讼活动的检察文书，不能转化为诉讼档案，也不能移作诉讼档案。
（三）诉讼档案与诉讼证据鉴定文书档案
诉讼证据鉴定文书档案，主要指涉案标的物鉴定文书档案。包括动产、不动产等有形资产和无形资产的价值评估等诉讼证据鉴定活动中产生的原始信息记录，它与诉讼档案属于不同门类的档案，应当单独分类立卷归档。但与诉讼档案有密切联系。诉讼证据鉴定文书档案是鉴定结论的原始依据和凭证，而鉴定结论具有法律意义，属于一种独立的诉讼证据，是当事人的呈堂证据，也是法院审判、执行的依据，经过庭审质证、认证后，成为诉讼活动原始信息记录的一部分，应列入涉案诉讼文书材料，随卷归档。
（四）诉讼档案与法医学鉴定文书档案
法医学鉴定文书档案，是按照法医学鉴定程序，运用现代科学技术，为查明和确定案件真实情况，提供科学证据的原始性真实记录，它与诉讼档案属于不同门类的档案，以活体检验、尸体检验、文证审查、物证检验、现场勘验等为类别，按年度和一人（件）一号的原则，单独立卷归档。1991年12月24日，最高人民法院颁布的《人民法院法医学文书立卷归档办法》，对鉴定文书材料的收集、排列、编目、卷宗装订、归档的原则和方法作了明确规定。法医学鉴定结论具有法律意义，是法院和法官办案的依据，属于一种独立的诉讼证据，应列入涉案诉讼文书随卷归档。
（五）诉讼档案与法院行政文书档案
法院行政文书档案，是指法院诉讼文书以外的各种行政文书（含党、政、工、团等文书）。凡是反映法院工作活动，具有查考利用价值的司法行政文书材料，均必须立卷归档。它与诉讼档案属于不门类的档案，单独分类立卷归档。许多行政文书涉及诉讼活动的决策部署、督促反馈、总结报告、调研成果等等，虽与诉讼活动密切相关，因不具备诉讼活动原始信息记录这一本质特征，仍属于行政文书。但部分行政文书也同时被列入诉讼档案的副卷归档保存。如：有关案件的请示、批复，上级领导机关和领导同志对案件的批示和监督函，人大代表、政协委员对案件的书面建议案、提案、意见、建议，以及法院对上述案件的办理报告和答复函等等，依照《人民法院行政文书立卷归档办法》应当归入行政文书档案；依照《人民法院诉讼文书立卷归档办法》应当归入诉讼档案，这样的规定是完全正确的，因为它们同时具备了上述两种档案的属性。将这些行政文书归入诉讼档案，是因为它与案件有密切关系，可能对案件的诉讼活动或裁判结果产生影响。
（六）诉讼档案与审判委员会记录
审判委员会记录，是最高权威的诉讼活动原始信息记录，理所当然属于诉讼档案应当立卷归档的范围。审判委员会原始记录必须保持其连续性和完整性，而一次审判委员会讨论的案件不止一件，将原始信息记录归入诉讼档案存在工作上和技术上的不便。因此，在审判实务操作上便出现了多种不同的技术处理办法。一种是将一次审判委员会讨论数件案件的全部原始记录复印或复制数份，分别存入本次会议所讨论决定的案件案卷归档；第二种是审判委员会讨论案件时，除会议记录之外，同时请所讨论案件的法官或书记员到会另行单独记录，再由书记员入卷归档。第三种是审判委员会每次会议都保存一套完整的原始记录，以保持审判委员会记录的连续性和完整性，并作为诉讼档案的一个独特的类别单独立卷归档。同时以该原始记录为准，将审判委员会讨论决定每个案件的结论，按照固定格式和规范程序，经全体委员签名或经会议主持审签后复制数份，加盖审委会印章交由案件承办人或书记员作为办案依据入卷归档。笔者认为前二种办法，各有弊端，不宜采用，第三种办法符合有关法律和规定的要求，简便易行，应予推广。
（七）诉讼档案与人事档案
人事档案与诉讼档案都是关于具体人和事的历史记录，在内容上有一定联系，涉及到具体某个人的诉讼档案，需要归入人事档案的，主要是案情报告、判决书或裁定书、调解书、释放证等结论性诉讼文书材料。但两者有明显区别：来源不同。诉讼档案是法院依法独立行使审判权在诉讼活动中形成的，人事档案中有关个人的诉讼文书、材料，只能由司法机关提供或通过司法机关取得。内容不同。诉讼档案是公民、法人或其他组织参与诉讼活动的真实记录，是历史的局部反映。人事档案则是个人经历与德才表现的全面记录和反映。保存的目的和作用不同。保存诉讼档案是审判工作的需要，是审判工作的依据和参考，个人诉讼文书材料保存于人事档案是人事管理工作的需要，供人事管理工作查考使用，是用人的依据和参考。
