民和建县前为碾伯县辖巴州堡,建县后设巴州、联合等乡。
1958年,巴州、东沟、西沟、联合等乡合并成立巴州公社。
1961年一分为四,今辖境分属巴州公社、联合公社。
1984年改巴州乡、联合乡。
1996年,巴州乡面积57.7平方千米,人口1.3万人,其中回族占53.3%,辖巴州一、巴州二、祁家、上马家、下马家、万泉堡、洒力池、凉尔湾、麻家湾、羊羔滩、老官坪、巴州垣12个行政村;联合乡面积69.5平方千米,人口0.8万人,其中回族占54.2%,辖黄池、大焦土、杨家湾、马家沟、阳山、上宣、下宣、胡家、祁家岭9个行政村。
2001年,撤销巴州乡,设立巴州镇。2001年末,巴州镇驻巴州,辖巴州一、巴州二、祁家、上马家、下马家、万泉堡、洒力池、凉尔湾、麻家湾、羊羔滩、老官坪、巴州垣12个行政村;联合乡驻黄池,辖黄池、杨家湾、马家沟、上宣、下宣、胡家、祁家岭、阳山、大焦土9个行政村。
2006年8月,撤销联合乡,并入巴州镇。
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