本病应与下列疾病鉴别: (1)慢性细菌性痢疾:往往有过明确的急性细菌性痢疾史,且从粪便、直肠拭子或内镜检查时所取得的渗出物进行培养,可分离出痢疾杆菌,抗菌药治疗有效。 (2)慢性阿米巴肠病:病变以近端结肠为主,溃疡的边缘为潜行性,介于溃疡之间的结肠粘膜正常,粪便中可找到溶组织阿米巴包囊或滋养体,用抗阿米巴药物治疗有效。 (3)肠道激惹综合征:粪中可有大量粘液,但无脓血。除肠道症状外,患者往往伴有头痛、焦虑不安、注意力不集中、失眠等明显的神经官能性症状,X线和结肠镜检查仅提示有结肠痉挛等改变,而无别的炎症病变可见。 (4)结肠癌:本病多见于中年以后,表现为腹泻、脓血便和肠梗阻等。X线检查显示病变部位有粘膜破坏、肠壁僵硬、充盈缺损及肠腔狭窄等肿瘤征象;直肠指诊可触及肿块,内镜检查可见到癌肿,并可经活组织检查证实。但必须指出,有时可在结肠癌的基础上并发结肠炎;或反之,在溃疡性结肠炎的基础上并发结肠癌。 (5)克隆病:克隆病病变主要侵犯回肠末端,腹痛多位于右下腹或脐周,里急后重少见,粪便常无粘液脓血,腹部肿块,瘘管形成,肛门及直肠周围病灶较多见;X线钡剂造影检查于回肠末端可见线样征;乙状结肠镜检查多属正常,若累及直肠和结肠时,可见病变部位粘膜呈卵石样隆起,有圆形、纵行线状或匐行性溃疡,多无渗出性或接触性出血,病变呈节段性分布,粘膜活组织检查对诊断有一定的帮助。 (6)血吸虫病:有与流行区疫水接触史,粪便可检出血吸虫卵或孵化毛蚴阳性。内镜下,见到粘膜下黄色颗粒等典型病变,直肠粘膜活组织压片低倍镜检可找到虫卵,此外,可有肝、脾肿大,血中嗜酸性粒细胞增多等其他临床表现,在有效的抗血吸虫病治疗后症状好转。