南朝陈光大二年（568年）、隋开皇九年（589年），两度置废莆田县，先后隶属丰州（今福州）南安郡和泉州（今福州）。唐武德五年（622年），析南安县地再置莆田县，属丰州（今泉州）。
唐圣历二年（699年），析莆田县西部置清源县，莆田、清源2县属武荣州（后改泉州）。唐天宝元年（742年），改泉州为清源郡，而清源县改为仙游县，莆田、仙游2县属清源郡。之后清源郡又改为泉州、清源军、平海军，莆田、仙游2县亦属之。
北宋太平兴国四年（979年），宋太宗诏以莆田、仙游、永福（今永泰）、福清四县之部分属地置兴化县（治所在今仙游县游洋镇），并在其地建太平军。太平兴国五年，改太平军为兴化军，划出平海军（今泉州市）的莆田、仙游2县归兴化军管辖，兴化军直属两浙西南路，与建州、福州、泉州、漳州、汀州、南剑州、邵武军合称为“八闽”，辖地基本上与今莆田市相同。太平兴国八年，军治迁至莆田县城。宋雍熙二年（985年），闽地从两浙西南路分出，置福建路，兴化军隶属福建路。
南宋德祐二年（1276年），恭帝在临安（今杭州）降元。同年五月，益王赵昰在福州登位，是为端宗，改元景炎，升福州为福安府，定为行都。景炎二年（1277年），兴化军城失而复得，端宗诏改兴化军为兴安州，故莆田市又有“兴安”之称。
元至元十四年（1277年），元军陷兴安州城。元代，地方设行中书省。兴安州改称兴化路，属江浙行中书省管辖，设总管府，置录事司，统莆田、仙游、兴化3县。至元十五年，设福建
行中书省，兴化路属之。元皇庆二年（1313年），兴化县治由游洋镇迁到广业里湘溪（今莆田县新县乡）。至正二十七年（1367年），福州参政文殊海牙开城降明，兴化路亦纳款归明。
元朝末期，泉州莆田出现亦思法杭兵乱。
明洪武二年（1369年），兴化路改称兴化府，隶福建行中书省。洪武九年，福建行中书省改为福建承宣布政使司，兴化府属之。兴化府废录事司，辖莆田、仙游、兴化3县不变。明正统十三年（1448年），地处山区的兴化县，虎患严重，病疫流行，人丁渐少，百姓不堪重负，因而裁革兴化县。将武化、长乐两乡并为广业里，划归莆田县，兴泰、福兴、来苏3里并为兴泰里，划归仙游县。
清沿明制，兴化府建制不变，仍辖莆田、仙游两县，隶属福建省闽海道。
康熙四十四年（1705年）莆田人林麟焻、朱元春修《莆田县志》36卷（今北京图书馆藏有一部）。
1912年废府，属南路道，道治设厦门，1914年改名厦门道，原泉州府、兴化府、永春直隶州所辖各县隶之。（现有江苏省兴化市）。
1933年“中华共和国人民革命政府”即“福建人民政府”成立时属兴泉（泉海）省（今莆田市、泉州）。
民国23年（1935年）10月，属第四行政督察区，驻同安，辖同安、晋江、南安、仙游、莆田、金门、安溪、永春、德化、惠安。
1949年8月21日解放后，莆田、仙游2县属第五专区（驻泉州），1950年属泉州专区，1955年属晋江专区（驻泉州）。
1983年4月28日，国务院批准撤销莆田地区，将闽清、永泰、福清、长乐、平潭5县划归福州市，将莆田、仙游2县划回晋江地区（泉州）。
1983年5月，撤销莆田地区，所属福清、闽清、平潭、长乐、永泰5县划归福州市管辖。
1983年11月，成立莆田市。
1984年，从莆田县划出城厢镇、城郊公社建立城厢区；划出涵江镇、涵江公社建立涵江区。莆田市辖莆田、仙游2县和城厢、涵江2区。
1984年10月，各县（区）所属人民公社管理委员会改称为乡（镇）人民政府，生产大队（街）改称为村（居）民委员会，城厢镇改称荔城街道办事处。
1984年11月，莆田县黄石、笏石2乡改为镇建制。
1985年5月，涵江镇改称涵江街道办事处。莆田县的江口、梧塘、华亭3乡和仙游县的枫亭、榜头、郊尾、度尾4乡改为镇建制。
1986年12月，莆田县的西天尾、埭头2乡改为镇建制。
1988年10月，莆田县的白沙、灵川、忠门3乡改为镇建制，东庄乡改为秀屿镇。
1989年2月，从莆田县划出湄洲乡，成立莆田市湄洲岛旅游经济区，由莆田市直辖。
1992年经国务院批准升格为国家级旅游度假区。同年9月，湄洲乡改为镇建制。
1996年2月，福建省人民政府批准成立莆田市湄洲湾北岸经济开发区管委会，对笏石镇、埭头镇、平海镇、东峤镇、南日镇、东庄镇、忠门镇、灵川镇行使管辖权，管辖的行政区域属莆田县。
1997年10月，忠门镇区划进行调整，增设山亭、东埔、月塘3个乡。
1999年7月，灵川镇区划调整增设东海镇。
2002年02月01日，国务院批准调整莆田市部分行政区划，撤销莆田县，成立荔城区、秀屿区，市辖有城厢区、涵江区、荔城区、秀屿区和仙游县。
（1）撤销莆田县建制，将原莆田县的常太、华亭、灵川、东海4个
镇划归莆田市城厢区管辖，原莆田县的江口、梧塘、秋芦、白沙、新县、庄边6个镇和大洋乡划归莆田市涵江区管辖。涵江区面积752平方公里。
（2）调整城厢区行政区域范围，设立荔城区。将原城厢区荔城街道、城厢区城南乡的镇海、阔口、新溪、步云、埭里、古山6个村，城郊乡的长丰、七步、濠浦、南郊、莘郊、荔浦、陡门、张镇、西洙、拱辰、畅林12个村，以及原莆田县的西天尾、新度、黄石、北高4个镇划归荔城区管辖。面积268平方公里。
（3）设立秀屿区。将原莆田县的笏石、东庄、忠门、东埔、湄洲、东峰、埭头、平海、南日9个镇和山亭、月塘2个乡划归秀屿区管辖。面积506平方公里。
2008年4月，经国家发改委、国土资源部、建设部发布第18号公告，核准莆田市湄洲湾北岸经济开发区管委会再次挂牌成立，对忠门镇、东埔镇、山亭乡行使管辖权，管辖的行政区域属秀屿区。
2009年2月，象溪乡更名为菜溪乡。2010年1月，山亭乡改为镇建制。
