从法律意义上说，存单纠纷不是特别的新型纠纷，只要对纠纷中存款或借贷关系加以确认或否定，即可解决，纠纷的当事人之间基于债的关系产生相应权利义务。但从资金市场上看这类纠纷是融资中的新型案件，案情复杂，当事人之间法律关系的表象与本质差别大，难以区分和把握，对各方当事人的违法行为的定性缺乏较明确具体的法律法规，我们必须透过原因和现象来分析结果和实质。
（一）、从本源上看，存单纠纷的产生有以下几个方面的原因：
1、由于传统的金融体制尚在改革中，新型的资金市场体系尚未完全建立，融资方式单一，资金市场供不应求，合法信贷体制以外的资金市场较为混乱，其利率也与国家信贷利率存在较大的利息差。由于计划内的信贷资金难以获取，一些用资企业，不惜以高利率借贷资金。一些个人或企业，为赚取高利息，并套取金融机构信誉，高息存款或委托借贷，而在利益驱动下，金融机构及其工作人员为增加资金来源，则以较高的利率吸收存款，并以更高的利率转贷给用资人。这些违法行为一旦被监督机构查出或融资中资金无法按期流转而引发纠纷。
2、随着金融体制改革的深入，信贷业务形式越来越多样化，而金融机构内部管理及监控方式单一，缺乏力度，使一些融资双方当事人及信贷人员有机会利用存单为处在形式搞资金拆借，以致三方受益，但同时也潜伏了资金不能及时回笼的风险。
3、一些金融机构办理存单质押手续时，违规操作，或手续不完备或审查不严，而另一些金融信贷人员虚开存单，滥施金融信用，导致存单质押纠纷大量发生。
4、由于国家信贷资本市场较小，其外的资金市场为一小部利益阶层所操纵，他们主要是金融机构工作人员，企事业单位负责人和财会人员及一些游走于资金出用人与金融机构间的资金“掮客”，这些人专门以较高利率的资金融通为利益取向，采用一些非法手段吸存、放贷因此增加了纠纷形成的风险。
（二）、从存单纠纷的具体发生看，主要有以下几种情况：
1、存款人持真实存单并有真实的存款行为，金融机枪以预先曾向存款人支付过高息为由，拒绝支付票面所记载的部分本金。
2、存款人所持有存单凭证、印章等存在瑕疵，但有真实的存款行为，金融机构以涉及犯罪或其工作人员个人行为等为由，拒绝支付存单票面所记载的本息。
3、存款人所持存单印章齐全、票面完备并有真实的存款行为，金融机构以存款与用资之间存在委托贷款关系或资金拆借为由，拒绝支付票面所记载的本息。
4、以自己或他人的存单作质押物向金融机构押贷款，贷款逾期未还，金融机构要求实现质权。
5、存款人没有取得存单或所持存单凭证、印章等存在瑕疵，但有真实的存款行为，金融机构以双方不存在存款关系，存款人与用资人之间有资金拆借或委托贷款关系为由，拒绝支付票面所记载的本息。
6、持有人以金融机构虚开的存单质押贷款，另一金融机构要求虚开机构承担责任。
