自从Baker和Wurgler（2002）的《市场时机与资本结构》一文发表以来，大量研究开始关注市场时机假设，得出了许多有意义的研究成果，然而同时也引起了很大争议。这些争议主要体现在以下三个方面：第一，有些学者对Baker和Wurgler（2002）提出的市场时机代理变量（EFWAMB）提出了质疑，认为EFWAMB并不一定代表股票市场的错误定价，而更可能包含有关公司长期增长机会的信息；第二，有些学者认为即使存在股票发行的市场时机效应，这种效应的持续时间也很短，杠杆率的偏离很快就会得到逆转，市场时机对资本结构的影响不具有持续性；第三，有些学者认为公司资本结构具有持续性，但这种持续性并不是由股票发行的市场时机引起的，而是由调整成本导致的。
首先，对市场时机测量指标的质疑。Kayhan和Titman（2006）基于财务缺口（financialdeficit）平均市值账面比（
）和市值账面比（M／B）将Baker和Wurgler（2002）的市场时机测量指标分解为YT（Yearlvtiming）和LT（1ong—termtiming）两部分，YT主要指短期因素，反映股价错误估计对杠杆率的影响，与市场时机有关；而LT主要指长期增长因素，反映市值账面比对杠杆率的持续影响，不反映市场时机因素，只与企业的投资机会有关。他们利用美国1971~2002年的公司数据研究发现，YT因素对资本结构的影响持续时间很短而且很弱，而LT因素对资本结构具有持续影响，这说明资本结构受到的长期影响并非由市场时机所致，而是与代表企业长期增长的投资机会有关。因此，他们认为，Baker和Wurgler（2002）的市场时机测量指标（EFWAMB）不只反映股市错误定价信息，还包含企业长期增长机会信息。Hovakimian（2006）直接检验了Kayhan和Titman（2006）提出的历史加权平均市值账面比（EFWAMB）包含增长机会的假设，研究了各种不同企业融资交易方式的市场时机模式，以及由这些融资交易引起的杠杆率变动与市场时机模式的交互作用。他的研究表明，虽然股票发行表现出很强的市场时机效应，但市场时机不可能引起市值账面比与杠杆率较强的长期负相关关系。他发现，在控制了净债务与股票发行的累积影响之后，历史加权平均市值账面比与杠杆率仍具有显著负相关关系，这与市场时机假设不一致；同时，他还发现，历史加权平均市值账面比越高，当前的资本支出和研发支出也就越高，这表明历史加权平均市值账面比的重要性与当前的增长机会有关。如果历史加权平均市值账面比与当前资本结构的负相关关系仅仅反映了过去的市场时机，那么只要控制了决策前的杠杆率、市值账面比和其他相关因素，历史加权平均市值账面比就应该对当前的投融资决策没有影响。然而，如果历史加权平均市值账面比的重要性是与当前的增长机会相关的，那么它就应该对当前的投融资决策产生重要影响。Hovakimian（2006）的研究结论进一步说明，Baker和Wurgler（2002）提出的历史加权平均市值账面比指标并不仅仅反映市场时机因素，还包含企业长期增长机会因素。
其次，对市场时机长期影响的质疑。另一个存在大量争议的问题是：市场时机是否对资本结构具有长期影响。如果会产生长期影响，则说明目标杠杆率非常宽松，资本结构的传统因素只起很小的作用；反之，则说明企业具有特定的目标杠杆率，传统资本结构的决定因素仍然起作用。Alti（2oo6）的研究表明，虽然热发市场IPo公司发行的股票比冷发市场IPo公司发行的股票多，具有较低的杠杆率和真正的市场时机效应，但市场时机对资本结构的影响很快就会得到纠正。与冷发市场上市公司相比，热发市场上市公司上市之后很快会通过发行较多的债券和较少的股票来提高自己的杠杆率。上市后第二年末，市场时机对资本结构的影响基本消失。同样，Flannery和Rangan（2006）以及Hovakimian（2004）的研究表明，市场时机对资本结构的影响非常短暂，不超过2～3年。Mittoo和Zhang（2006）。研究了加拿大公司增发的市场时机对资本结构的影响，Bie和Haan（2004）研究了荷兰上市公司市场时机对资本结构的影响，他们都没有发现市场时机对资本结构具有持续影响的证据。
最后，对市场时机因素本身的质疑。动态平衡资本结构理论认为，资本结构之所以具有持续性，是因为存在调整成本，而不是由市场时机引起的外部融资导致的。Leary和Roberts（2005）研究了存在调整成本时的公司资本结构动态变化情况，结果表明调整成本对公司融资决策产生重要的影响。在控制了公司融资行为与调整成本的相关性以后，他们发现公司会频繁调整其杠杆率，使其处于最优的区间内，这说明外部冲击对杠杆率的持续影响是由调整成本，而不是公司对资本结构的漠不关心引起的。Liu（2005）的研究表明，在存在调整成本的情况下，公司不会立即基于当前的投资机会调整其资本结构，公司的实际杠杆率在大部分时间里会反映其过去一段时间的目标杠杆率，而不是当前的目标杠杆率。历史市值账面比作为未来增长机会的代表变量，决定了公司的过去目标杠杆率，因此与公司当前观测到的杠杆率相关。Lemmon、Roberts和Zender（2005）研究发现，公司财务杠杆表现出显著的持续性，历史财务杠杆率对未来财务杠杆率的影响达20年之久，公司IPO之初的杠杆率是资本结构最重要的决定因素。他们否认资本结构的持续性是由市场时机引起的。这些研究都对市场时机资本结构理论的合理性提出了质疑，这说明市场时机资本结构理论还没有得到学者的一致认同，还必须进行更深入的研究，以得出经得起理论和实践检验的结论。
