两汉时期为扶馀国的属地;扶馀灭亡后,从南北朝到隋唐初期,属靺鞨地;唐代,接受渤海国称号时,属渤海的扶馀府(今农安)辖境;辽代为东京道黄龙府(今农安)辖境;金代为上京路济州(即辽代的黄龙府)辖境;大定二十九(1189年〕济州改为隆州,贞和初(1214-1217年)为隆安府(即今农安),今九台县亦随之归属隆安府;元代属开元路辖境(开元路曾在黄龙府,后又迁到今开原);明代属奴儿干都司管辖。
清康熙二十年(1681年)把这一带封为禁区,在吉林省境内修筑柳条边墙,并在封禁区的“紧要关口”安设卡伦(为卡哨之意)或“设立封堆”,以防汉人和蒙古人进入。至咸丰十年(1860年)由于国内外形势的逼迫,才完全开放。光绪四年(1878年)设立垦务局,并积极鼓励开发垦种。光绪三十三年(19O7年)改将军为行省。
民国初年改东三省总督为奉天都督,不兼辖吉、黑两省,这时东北三省开始分治。伪满大同元年(1932年)由地方纳商请准设制,从永吉县、长春县、德惠县的部分地区析置为九台县,隶属吉林省。
民国三十六年(1947年)六月五日正式公布东北新省区方案,正式批准设立九台县,隶属于吉林省。
1945年九台解放,设县人民政府,1955年改为县人民委员会,1968年改为县革命委员会。
1980年复称县人民政府。
1988年,撤销九台县,设立九台市。
2005年,将九台市的卡伦湖镇、龙嘉镇(原龙家堡镇)、东湖镇3个镇划归长春市二道区管辖。
截至2006年底,九台市辖3个街道、10个镇、2个乡,10个社区、310个村。