慢性腹泻大多数是由胃肠道自身疾病引起。然而胃肠道外其他疾病引起的慢性腹泻也不少见，其中内分泌疾病引起的慢性腹泻常不被人们所认识，结果服了不少抗生素、止泻药却无济于事。常见的有以下几种。
糖尿病：在发病过程中，如果血糖没有得到有效控制，便会引起血管神经损害，导致顽固而间断的腹泻，解棕色水样或糊状粪便，量多，一般在清晨及夜晚更加明显，严重者大便失禁。糖尿病腹泻的治疗，必须控制血糖，并针对腹泻可选择可乐定、硝苯吡啶、易蒙停，如同时合并肠道细菌感染则需加用抗生素。
甲状腺疾病：甲状腺功能亢进由于甲状腺激素分泌太多，除引起全身代谢增高，如易饿、怕热、精神紧张、突眼、心跳快、消瘦等外，有的还可引起顽固腹泻糊状便，通过甲状腺激素（Ｔ3、Ｔ4）和甲状腺吸碘试验，易于确诊，可服抗甲状腺亢进的药物，如他巴唑或丙基硫氧嘧啶，甲亢控制后腹泻也随之痊愈。当甲状腺激素分泌过少而不能满足机体代谢时，由于胃酸缺少，肠壁水肿，小肠绒毛萎缩，胆汁减少，导致脂肪吸收困难，也可发生腹泻。这种病人多伴有浮肿、怕冷、心跳缓慢，检查Ｔ3、Ｔ4降低，而促甲状腺素增高，确诊后服甲状腺片，不但甲状腺功能减退症状消失，腹泻也随之停止。
慢性肾上腺皮质功能减退：由于皮质激素减少，引起胃肠麻痹，胃酸缺乏，吸收不良，从而发生慢性腹泻。这种病人一旦受到外伤、感染等应激时，腹泻往往突然加重，伴呕吐甚至休克。患慢性肾上腺皮质功能减退的人，常有皮肤色素沉着、疲乏无力、血压偏低。应用皮质激素治疗是唯一选择。
脑垂体前叶功能减退：可引起多种激素减少，特别是促肾上腺皮质激素减少，也就会发生上述慢性肾上腺皮质功能减退引起腹泻。此外，还有甲状腺功能减退及性腺功能减退等表现，如怕冷、闭经、阳痿等，当给予糖皮质激素、甲状腺素等治疗后，腹泻即随其他症状消失而治愈。
胃泌素瘤：是一种具有分泌胃泌素功能的肿瘤，因其刺激产生过多胃酸、胃蛋白酶，从而导致胃、十二指肠、食管、直肠上段发生溃疡，又由于大量含高酸的胃液进入小肠，促使小肠蠕动过快，因此除了胃痛外，1／3的病人解大量稀水样大便，甚至腹泻在胃痛之前发生。胃泌素瘤引起的腹泻，应该切除肿瘤。如果不能切除，则用抑制胃酸的药如奥美拉唑或兰索拉唑治疗。
